Nén tifffile python

cho ind, coor trong liệt kê (patch_coors). ph, pw = coor[0], coor[1] pred_map[ph. ph+args. patch_len, pw. pw+args. patch_len] += preds[ind] ttl_samples += đầu vào. kích thước (0) prob_pred = np. chia(pred_map, wmap) slide_pred = (prob_pred > 0. 5). astype(np. uint8) pred_save_path = os. con đường. tham gia (result_dir, cur_slide + "_" + args. loại_khối u + ". tif") io. imsave(pred_save_path, slide_pred*255) if args. save_org và args. tumour_type == "khả thi". org_w, org_h = wsi_head. level_dimensions[0] org_pred = biến đổi. thay đổi kích thước (prob_pred, (org_h, org_w)) org_pred = (org_pred > 0. 5). astype(np. uint8) org_save_path = os. con đường. tham gia (org_result_dir, cur_slide[-3. ] + ". tif") imsave(org_save_path, org_pred, nén=9) time_elapsed = thời gian. time() - vì print('Kiểm tra mất {. 0f}m {. 2f}s'. định dạng(time_elapsed // 60, time_elapsed % 60))
Fredrik Lundh fredrik. lundh@image. kết hợp. se
Thứ ba, ngày 13 tháng 5 năm 1997 17. 26. 44 +0200
> an hour ago I wanted to show (to my boss) how easy
> it is to do some image manipulation in Python. He
> was quite impressed until I tried to write the
> resulting TIFF image to a file with G4 compression.

> Is it really so? Can't the tiff library be used for
> this?

Sure, it only takes someone to do it.  And an integrated G4 codec is
in the plans for 0.4 or something, but while you're waiting, here's
some simple code that uses the "tiffcp" utility to write TIFF's of all
flavours.  Just import the following module from your program, and you
can then use the "compression" option with the save method as shown in
the test snippet.

Cheers	/F

# 
# use "tiffcp" to write compressed TIFF files.
#
# fredrik lundh (may 13, 1997)
#

import os, tempfile

# install standard driver
import Image, TiffImagePlugin 

LZW      = "lzw"
ZIP      = "zip"
JPEG     = "jpeg"
PACKBITS = "packbits"
G3       = "g3"
G4       = "g4"

def _save(im, fp, filename):

    # check compression mode
    try:
	compression = im.encoderinfo["compression"]
    except KeyError:
	# use standard driver
	TiffImagePlugin._save(im, fp, filename)
    else:
	# compress via temporary file
	if compression not in (LZW, ZIP, JPEG, PACKBITS, G3, G4):
	    raise IOError, "unknown compression mode"
	file = tempfile.mktemp()
	im.save(file, "TIFF")
	os.system("tiffcp -c %s %s %s" % (compression, file, filename))
	try: os.unlink(file)
	except: pass

Image.register_save(TiffImagePlugin.TiffImageFile.format, _save)

if __name__ == "__main__":
    # test
    im = Image.open("/usr/iv/tip/images/lenna.ppm")
    im = im.point(lambda v: v >= 128 and 255, "1")
    im.save("lenna.tif", compression=G4)

_______________
IMAGE-SIG - SIG on Image Processing with Python

send messages to: [email protected]
administrivia to: [email protected]
_______________


Xử lý hình ảnh là kỹ thuật cốt lõi của thị giác máy tính, giúp phát triển nhiều ứng dụng thực tế như robot, ô tô tự lái và camera thông minh, phát hiện đối tượng,…. Xử lý ảnh cho phép chuyển đổi và thao tác trên hàng khử ảnh cùng lúc, từ đó trích xuất những thông tin chi tiết và quan trọng. Bài viết này sẽ cùng bạn khám phá về xử lý hình ảnh bằng Python. từ thuật toán, công cụ đến phương pháp hữu dụng. Sau đó lưu lại và tham khảo thêm nhé

Nội dung chính Hiển thị

1, Xử lý ảnh cấu hình học (Morphological Image Processing)

Xử lý hình ảnh hình thái bao gồm các phép toán phi tuyến tính (phi tuyến tính) tác động đến hình dạng hoặc hình thái của máy ảnh nhị phân. Thuật toán này loại bỏ các điểm nhiễu và làm mịn hình ảnh

Xử lý hình thái học cũng có thể được mở rộng cho hình ảnh thang độ xám. Nó bao gồm các thao tác phi tuyến tính liên quan đến cấu trúc của các vị trí trong ảnh, phụ thuộc vào pixel thứ tự. Kỹ thuật này phân tích một hình ảnh bằng cách sử dụng phần tử cấu trúc (phần tử cấu trúc) đặt ở những vị trí khác nhau trong hình ảnh và được so sánh với các pixel lân cận tương ứng. Cấu trúc phần tử là một trận đấu nhỏ với các giá trị 0 và 1

Hai thao tác cơ bản của quá trình xử lý hình thái học là Dilation (phép giãn) và Erosion (phép co)

  • Relable more pixel into thegiới hạn của các đối tượng trong một hình ảnh
  • Có thể loại bỏ các pixel khỏi ranh giới đối tượng bằng cách loại bỏ các điểm ảnh

Số lượng pixel bị xóa hoặc thêm vào ảnh gốc phụ thuộc vào kích thước của cấu trúc phần tử

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Gaussian blur (làm mờ/mịn Gaussian) là kết quả của việc làm mờ hình ảnh bởi một hàm Gaussian

Kỹ thuật này được sử dụng để giảm nhiễu ảnh và chi tiết. Hiệu ứng hình ảnh của kỹ thuật Gaussian tương tự như công việc nhìn một hình ảnh qua màn hình mờ. Trong thị giác máy tính, Gaussian được sử dụng để tăng cường hình ảnh ở các quy định khác nhau hoặc như một kỹ thuật tăng cường dữ liệu trong học sâu

Hàm gaussian cơ bản được biểu diễn như sau

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Gaussian blur (làm mờ/mịn Gaussian) là kết quả của việc làm mờ hình ảnh bởi một hàm Gaussian

Kỹ thuật này được sử dụng để giảm nhiễu ảnh và chi tiết. Hiệu ứng hình ảnh của kỹ thuật Gaussian tương tự như công việc nhìn một hình ảnh qua màn hình mờ. Trong thị giác máy tính, Gaussian được sử dụng để tăng cường hình ảnh ở các quy định khác nhau hoặc như một kỹ thuật tăng cường dữ liệu trong học sâu

Hàm gaussian cơ bản được biểu diễn như sau

  • Trong thực tế, có thể tận hưởng đặc tính ứng dụng có thể phân tách Gaussian blur để chia quá trình thành 2 lần. Lần đầu tiên, nhân một chiều (nhân hệ điều hành) được sử dụng để làm mờ hình ảnh chỉ theo hướng ngang hoặc dọc. Lần thứ hai, kernel một chiều tương tự được sử dụng để làm mờ theo hướng còn lại. Kết quả thu được là kernel hai chiều. Dưới đây là một ví dụ trực quan để hiểu tác động của bộ lọc Gaussian đối với hình ảnh
  • Có thể thấy, bộ lọc Gaussian là bộ lọc thông tin thấp, tức là làm suy yếu các tần số cao. Nó thường được sử dụng khi phát hiện
  • 3. Biến đổi Fourier trong xử lý ảnh

Biến đổi Fourier chia ảnh thành các thành phần sin và cosin. Nó có nhiều ứng dụng như tái tạo hình ảnh, nén hình ảnh hoặc bộ lọc hình ảnh

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Gaussian blur (làm mờ/mịn Gaussian) là kết quả của việc làm mờ hình ảnh bởi một hàm Gaussian

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Gaussian blur (làm mờ/mịn Gaussian) là kết quả của việc làm mờ hình ảnh bởi một hàm Gaussian

Kỹ thuật này được sử dụng để giảm nhiễu ảnh và chi tiết. Hiệu ứng hình ảnh của kỹ thuật Gaussian tương tự như công việc nhìn một hình ảnh qua màn hình mờ. Trong thị giác máy tính, Gaussian được sử dụng để tăng cường hình ảnh ở các quy định khác nhau hoặc như một kỹ thuật tăng cường dữ liệu trong học sâu

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Gaussian blur (làm mờ/mịn Gaussian) là kết quả của việc làm mờ hình ảnh bởi một hàm Gaussian

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Gaussian blur (làm mờ/mịn Gaussian) là kết quả của việc làm mờ hình ảnh bởi một hàm Gaussian

Kỹ thuật này được sử dụng để giảm nhiễu ảnh và chi tiết. Hiệu ứng hình ảnh của kỹ thuật Gaussian tương tự như công việc nhìn một hình ảnh qua màn hình mờ. Trong thị giác máy tính, Gaussian được sử dụng để tăng cường hình ảnh ở các quy định khác nhau hoặc như một kỹ thuật tăng cường dữ liệu trong học sâu

Hướng dẫn python tiff image processing - python xử lý hình ảnh tiff

Nguồn. sao Hải vương. ai

2. Xử lý cấu hình ảnh Gaussian

Gaussian blur (làm mờ/mịn Gaussian) là kết quả của việc làm mờ hình ảnh bởi một hàm Gaussian

Kỹ thuật này được sử dụng để giảm nhiễu ảnh và chi tiết. Hiệu ứng hình ảnh của kỹ thuật Gaussian tương tự như công việc nhìn một hình ảnh qua màn hình mờ. Trong thị giác máy tính, Gaussian được sử dụng để tăng cường hình ảnh ở các quy định khác nhau hoặc như một kỹ thuật tăng cường dữ liệu trong học sâu

  • Chuyển đổi hình ảnh từ không gian màu này sang không gian màu khác, chẳng hạn như giữa BGR và HSV, BGR và màu xám, v. v
  • Thực hiện ngưỡng trên hình ảnh, như, ngưỡng đơn giản, ngưỡng thích ứng, v. v
  • Làm mịn hình ảnh, như, áp dụng các bộ lọc tùy chỉnh chỉnh sửa cho hình ảnh và làm mờ hình ảnh
  • Thực hiện các quyền cấu hình toán học trên ảnh
  • Cấu hình kim tự tháp
  • Trích xuất tiền cảnh từ hình ảnh bằng thuật toán GrabCut
  • Phân vùng ảnh sử dụng thuật toán lưu vực

2. Hình ảnh Scikit

Scikit là một thư viện mã nguồn mở được sử dụng để xử lý hình ảnh tiền xử lý. Nó sử dụng máy học với các chức năng tích hợp và có thể thực hiện các hoạt động phức tạp trên hình ảnh chỉ với một vài chức năng

Scikit hoạt động với các mảng numpy và là một thư viện khá đơn giản ngay cả đối với những người mới làm quen với python. Một số thao tác có thể được thực hiện bằng hình ảnh scikit là

  • Để triển khai các hoạt động tạo ngưỡng, hãy sử dụng phương thức try_all_threshold () trên hình ảnh. Nó sẽ sử dụng bảy thuật toán toàn cầu. This is in the filter module module
  • Để thực hiện phát hiện gần, hãy sử dụng phương thức sobel () trong bộ lọc mô-đun. Phương pháp này yêu cầu bắt đầu cấu hình ảnh thang độ xám 2D, vì vậy chúng ta cần chuyển đổi cấu hình ảnh sang thang độ xám
  • Để thực hiện làm căng gaussian, hãy sử dụng phương thức gaussian () trong bộ lọc mô-đun
  • Để áp dụng cân bằng biểu đồ, hãy sử dụng mô-đun phơi sáng
  • Để áp dụng cân bằng biểu đồ bình thường cho ảnh gốc, hãy sử dụng phương thức equalize_hist ()
  • Để áp dụng cân bằng thích ứng, hãy sử dụng phương thức equalize_adapthist ()
  • Để xoay ảnh, hãy sử dụng hàm xoay () trong biến mô đun biến đổi
  • Để thay đổi Tỷ lệ cấu hình ảnh, hãy sử dụng hàm rescale () từ biến mô-đun biến đổi
  • Để áp dụng các phép toán cấu hình thái, hãy sử dụng hàm binary_e wear() và binary_dilation() trong mô-đun cấu hình học

3. GỐI / GỐI

PIL là viết tắt của Thư viện hình ảnh Python. Đây là một trong những thư viện mạnh mẽ, hỗ trợ một loạt các định dạng hình ảnh như PPM, JPEG, TIFF, GIF, PNG và BMP

Nó có thể giúp bạn thực hiện một số thao tác trên hình ảnh như xoay, thay đổi kích thước, cắt xén, chia tỷ lệ màu xám, v. v. Vui lòng xem qua một số thao tác đó

  • Để tải xuống một hình ảnh, hãy sử dụng phương thức mở ()
  • Để hiển thị một hình ảnh, hãy sử dụng phương thức hiển thị ()
  • Để biết định dạng tệp, hãy sử dụng thuộc tính định dạng
  • Để biết kích thước của hình ảnh, hãy sử dụng kích thước thuộc tính
  • To know thuộc tính chế độ sử dụng định dạng pixel
  • Để lưu tệp hình ảnh sau khi xử lý, hãy sử dụng phương thức lưu (). Gối lưu tệp hình ảnh ở định dạng png
  • Để thay đổi kích thước hình ảnh, hãy sử dụng phương thức thay đổi kích thước () nhận hai đối số là chiều rộng và chiều cao
  • Để cắt ảnh, hãy sử dụng phương thức crop () lấy một số đối số dưới dạng một bộ hộp xác định vị trí và kích thước của vùng được cắt
  • Để xoay ảnh, hãy sử dụng phương thức xoay () nhận một đối số là số nguyên hoặc số có thể thực hiện được.
  • Để hiển thị hình ảnh, hãy sử dụng phương thức biến đổi phương thức () lấy một số đối số trong các đối số sau. Hình ảnh. FLIP_LEFT_RIGHT, Hình ảnh. FLIP_TOP_BOTTOM, Hình ảnh. ROTATE_90, Hình ảnh. ROTATE_180, Hình ảnh. XOAY_270

4. NumPy

Với thư viện này, bạn cũng có thể thực hiện các kỹ thuật hình ảnh đơn giản, chẳng hạn như hình ảnh, trích xuất các tính năng và phân tích chúng

Hình ảnh có thể được biểu diễn bằng các mảng đa chiều và do đó kiểu của chúng là NdArrays. Image color is an array has 3 dimensions. Bằng cách cắt mảng đa chiều, các kênh RGB có thể được tách ra

Dưới đây là một số thao tác có thể được thực hiện bằng NumPy trên hình ảnh (hình ảnh được tải xuống trong một biến có tên test_img bằng cách sử dụng imread)

  • Để đặt ảnh theo chiều dọc, hãy sử dụng np. lật ngược (test_img)
  • Để đặt ảnh theo hướng ngang, hãy sử dụng np. fliplr (kiểm tra_img)
  • Để đảo ngược hình ảnh, hãy sử dụng test_img [. – 1] (hình ảnh sau khi lưu trữ dưới dạng mảng numpy được đặt tên là )
  • Để thêm bộ lọc vào hình ảnh, bạn có thể làm như sau

Ví dụ. np. where (test_img> 150, 255, 0), tức là trong cấu hình này nếu thấy bất kỳ thứ gì bằng 150, thì hãy thay thế nó bằng 255, nếu không thì 0

You can also show the other channel RGB. Nó có thể được thực hiện bằng cách sử dụng đoạn mã này

Để có kênh màu đỏ, hãy thực hiện test_img [. ,. , 0], để có kênh màu xanh lá cây, hãy thực hiện test_img [. ,. , 1] và để có được kênh màu xanh lam, hãy thực hiện test_img [. ,. , 2]

5. đại ca

Đây là một thư viện xử lý hình ảnh và thị giác máy tính và có hơn 100 chức năng. Nhiều thuật toán của nó được thực hiện bằng C++. Bản thân Mahotas là một mô-đun độc lập, tức là nó có phụ thuộc tối thiểu

Hiện tại, Mahotas chỉ phụ thuộc vào trình biên dịch C++ để tính toán số, không cần mô-đun NumPy, trình biên dịch thực hiện tất cả công việc của nó