Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Lời tựa

Ghi chú và đoạn mã mã. Python 2. Cuốn sách đi kèm với các tập tin và trường hợp. Python 2. Từ CRC Press, 2014.


Phần 1, bắt đầu

Chương 1, Vỏ Python và Cơ bản

Cấu trúc dữ liệu

  • Booleans:
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    87 hoặc
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    88.
  • Từ điển: Bộ sưu tập không có thứ tự của các cặp giá trị khóa; Cả hai có thể là số hoặc chuỗi; được chỉ định với
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    89.
  • Phao: Số có chữ số sau điểm Dicemal,
  • Số nguyên: Số không có chữ số sau Điểm thập phân.
  • Danh sách: Bộ sưu tập các đối tượng được đặt hàng có thể thay đổi; được chỉ định với
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    90.
  • Bộ: Bộ sưu tập không theo thứ tự bất biến của các yếu tố độc đáo; được biểu thị bằng
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    91.
  • Chuỗi: Bộ sưu tập ký tự được đặt hàng bất biến; được chỉ định với dấu ngoặc kép
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    92 hoặc
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    93.
  • Tuples: Bộ sưu tập các đối tượng được đặt hàng bất biến; được chỉ định với
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    94.

Chuyển đổi

Chuyển đổi dữ liệu hoặc ép buộc: -

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
95; thành một chiếc phao. -
>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
96; thành một số nguyên. -
>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
97; thành một chuỗi.
-
>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
95; into a float.
-
>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
96; into an integer.
-
>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
97; into a string.

Dây

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
98 và
>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
93 Báo giá dành cho các chuỗi ngắn.

Trích dẫn ba lần và một số báo giá đôi khá nhiều.
are rather multilines.’‘’

Truy cập ký tự và chuỗi con

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    00; In ký tự cuối cùng của một chuỗi.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    01; In từ vị trí thứ 5 từ cuối đến cuối.

Chuỗi chức năng

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    02; chiều dài của chuỗi,
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    03; Chuyển đổi thành chữ hoa.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    04; Chuyển đổi sang chữ thường.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    05; Hủy bỏ không gian trắng và tab từ cả hai đầu.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    06; Hủy bỏ
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    07 khỏi cả hai đầu.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    08; Hủy bỏ chỉ bên phải.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    09; Hủy bỏ chỉ ở bên trái.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    10; Cắt thành những từ có không gian.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    11; Tìm kiếm phụ
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    07 và trả về vị trí bắt đầu.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    13; Thay thế
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    07 bằng
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    15.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    16; Kiểm tra bắt đầu và trả về
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    87 hoặc
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    88.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    19; Kiểm tra kết thúc và trả về
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    87 hoặc
    >>> 'protein'.count('r')
    1
    >>> 'occurence'.count('c')
    3
    
    88.

Tạo danh sách

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    22.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    23;
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    24.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    25;
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    26.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    27;
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    28.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    29;
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    30.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    31; Tạo một bản sao.

Sửa đổi danh sách

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    32; Thay thế phần tử ITH bằng
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    34; Thay thế các yếu tố từ
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    35 thành
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    36 bằng
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    37 (có thể sử dụng được).
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    38; Xóa các yếu tố của danh sách từ
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    35 đến
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    36.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    41; Xóa các yếu tố của danh sách từ
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    35 đến
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    36 với điểm dừng
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    44.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    45; Thêm phần tử
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33 vào danh sách.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    47; Thêm một số phần tử
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33 vào danh sách (có thể lặp lại).
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    49; Trả về số lượng các phần tử
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33 trong danh sách.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    51; Trả về
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    44 nhỏ hơn sao cho
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    53 và
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    54.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    55; Chèn (nêm trong)
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    57; Hủy phần tử ITH và trả về giá trị của nó;
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    58 làm điều đó cho yếu tố cuối cùng.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    59; Xóa phần tử
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33 được chọn.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    61; đảo ngược thứ tự danh sách.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    62; Sắp xếp danh sách.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    63; Sắp xếp danh sách;
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    64 là hàm tùy chỉnh để so sánh các cặp phần tử phải trả về giá trị âm, 0 hoặc giá trị dương tùy thuộc vào nếu phần tử đầu tiên của cặp thấp hơn. tương đương với. hoặc lớn hơn yếu tố thứ hai.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    65; Tạo một danh sách mới được tạo thành một loại tăng dần đơn giản của danh sách mà không cần sửa đổi danh sách.

Chức năng làm việc của danh sách

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    66; Độ dài của danh sách.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    67; nhỏ nhất.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    68; lớn nhất.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    69; Tổng.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    70; Tạo một danh sách số từ 0 đến 3.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    71; Tạo một danh sách số từ 1 đến 4.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    72; Tạo
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    73.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    74; Tạo
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    75

Bộ dữ liệu

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    76 hoặc
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    77
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    78 hoặc
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    79

Truy cập dữ liệu trong từ điển

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    80; Trả về giá trị của khóa.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    81; Làm điều tương tự, nhưng nếu khóa không thoát, nó sẽ trả về
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    82.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    83; Kiểm tra xem (các) khóa có được xác định không.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    84; Trả lại một danh sách tất cả các khóa.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    85; Trả về một danh sách tất cả các giá trị.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    86; Trả về tất cả các khóa và giá trị như một danh sách các bộ dữ liệu.

Sửa đổi từ điển

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    87; Đặt giá trị của khóa.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    88; Đặt giá trị của khóa nếu nó chưa được xác định.

Không có

Không cho biết đối tượng hoặc một phần của nó là trống. Ví dụ: -

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
89. -
insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
90.
-
insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
89.
-
insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
90.

Chương 2, Chương trình Python đầu tiên của bạn

Sự khác biệt giữa các chức năng và phương pháp

Các chức năng là chung chung; Sử dụng chúng ở bất cứ đâu mà không bị ràng buộc. Ví dụ,

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
91 hoạt động trên tất cả dữ liệu.

>>> len('protein')
7
>>> len('111')
3

Các chức năng khác, được gọi là phương pháp, là cụ thể; Sử dụng chúng trên một loại dữ liệu nhất định. Ví dụ:

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
92 chỉ hoạt động cho các chuỗi hoặc biến chuỗi chuỗi (bên dưới,
insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
93 là một chuỗi).

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3

Đếm sự xuất hiện của mỗi axit amin theo trình tự protein

đếm, phần tử, trong, chuỗi

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number

Tạo một chuỗi DNA ngẫu nhiên có độ dài 10

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence

Phần 2, Quản lý dữ liệu Jor

Chương 3, Phân tích cột dữ liệu

Đọc từ một tệp văn bản

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    94.

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    95.

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()

Sự khác biệt giữa

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
95 và
insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
94

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    98; Đọc tối đa x byte trong một tập tin. Nếu bạn không cung cấp kích thước, nó sẽ đọc toàn bộ tệp. Đầu ra được hiển thị dưới dạng chuỗi chỉ một lần.
  • Một ký tự = 1 byte.
  • Đóng và mở lại tập tin để đọc lại.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    99; Đọc lên đến x byte. Nếu bạn không cung cấp kích thước, nó sẽ đọc tất cả dữ liệu cho đến khi nó đến một dòng mới (
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    00) hoặc kết thúc của một đoạn văn.
  • Đóng và mở lại tập tin để đọc lại.

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
99; Đọc lên đến x byte. Nếu bạn không cung cấp kích thước, nó sẽ đọc tất cả dữ liệu cho đến khi nó đến một dòng mới (
import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
00) hoặc kết thúc của một đoạn văn.

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()

Viết tệp văn bản

Làm sạch tệp văn bản

  • dải
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    01; Loại bỏ khoảng trống không gian.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    02; Chỉ đúng.

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
03; Chỉ còn lại.

  • Viết và sau đó đọc cùng một tệp
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    04; Không thể viết với, chỉ đọc.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    05; Không thể đọc với, chỉ ghi (một tệp hiện có có cùng tên sẽ bị xóa).
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    06 Phụ lục; Dữ liệu được thêm vào cuối.

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
07; cả đọc và ghi (bằng cách thay thế chuỗi hiện có ở đầu bằng chuỗi mới).

Đọc một loạt các số từ tệp văn bản và in tóm tắt dữ liệu

  • dải, phần phụ, chiều dài, tối thiểu, tối đa, sắp xếp, định dạng, số nguyên, phao
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    01; Xóa khoảng trống.
  • Một văn bản là chuỗi theo mặc định thậm chí nghĩ rằng tệp chứa các số; Chuyển đổi văn bản thành float.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    66.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    69.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    67.
  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    68.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    14.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    09; mỗi dòng vào một danh sách.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    15 là một số nguyên với 4 chữ số.

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
16 là một chiếc phao với 6 chữ số và 2 số thập phân.

Định dạng dữ liệu

  • Định dạng, biến
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    17; một chuỗi.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    18; một chữ số.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    19; dữ liệu thô.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    20; còn lại bằng 10 byte.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    21; đúng. bởi byte
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    22; một số nguyên.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    23; một chiếc phao.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    24; một chiếc phao với 2 chữ số.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    25; Có 2 chữ số và 2 số thập phân.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    26; có 2 chữ số.
  • Và như thế.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    27; Biến một biến thành một chuỗi (ví dụ Digit
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    28 thành chuỗi
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    29).
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    30; Biến một biến thành một số nguyên (ví dụ String
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    29 thành chữ số
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    28).

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
0

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
1

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
33; Biến một biến thành một chiếc phao (ví dụ: chữ số
import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
28 thành
import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
35).

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
2

Ouput:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
3

Viết danh sách các số vào tệp văn bản

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
4

Tính trung bình từ danh sách các số

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
5

Tính trung bình từ danh sách các số

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
6

Tham gia hoặc kết hợp một danh sách

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
7

Tính (một phương sai và) độ lệch chuẩn từ danh sách các số

Chương 4, Hồ sơ dữ liệu phân tích cú pháp

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
8

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
9

Tìm các mục phổ biến cho hai danh sách

** Tìm nếu hai hoặc nhiều điều kiện được đáp ứng

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
0

boolean, người vận hành, và, hoặc, không

Các nhà khai thác BooleanTình trạng
NghĩaA
Thấp hơn bMột
Thấp hơn hoặc bằng bA> b
Một lớn hơn bA> = b
Lớn hơn hoặc bằng bA == b
Bằng bA! = B
Khác với BA b
idemA là b
A là điều tương tự như B ‘Thing là một đối tượngA không phải là B
A không giống như BA trong b
A có mặt trong chuỗi BA không ở b

A không có mặt trong chuỗi B

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
1

Tìm tất cả số nguyên tố dưới 30

  • Danh sách vs tuple vs set
  • Rằng: Thay đổi, thay thế, sắp xếp lại, thêm các yếu tố.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    36; Trình tự đột biến của các đối tượng.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    37; Trình tự được đặt hàng bất biến của các đối tượng ;.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    38; Bộ sưu tập không theo thứ tự bất biến của các yếu tố độc đáo.

Ba có thể chứa các chữ số, chuỗi hoặc các đối tượng khác (nhúng).

  • Thêm về danh sách
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    39; trích xuất
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    40; Danh sách nhúng.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    41; Trích xuất từ ​​danh sách nhúng.
  • Create:
    • import random
      
      alphabet = "AGCT"
      sequence = ""
      for i in range(10):
          index = random.randint(0, 3)
          sequence = sequence + alphabet[index]
      
      print sequence
      
      43.
    • import random
      
      alphabet = "AGCT"
      sequence = ""
      for i in range(10):
          index = random.randint(0, 3)
          sequence = sequence + alphabet[index]
      
      print sequence
      
      44.
    • import random
      
      alphabet = "AGCT"
      sequence = ""
      for i in range(10):
          index = random.randint(0, 3)
          sequence = sequence + alphabet[index]
      
      print sequence
      
      45.
    • import random
      
      alphabet = "AGCT"
      sequence = ""
      for i in range(10):
          index = random.randint(0, 3)
          sequence = sequence + alphabet[index]
      
      print sequence
      
      46.

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
42; cộng.

Tạo một danh sách với một vòng lặp một dòng

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
2

Vòng lặp, có điều kiện, có điều kiện, trên một dòng

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
3

Viết tất cả các tiêu đề từ một tệp vào một tệp riêng biệt

Đọc tất cả các số AC từ độ lệch của tệp

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
4

Output:

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
5

phân tích cú pháp, phân tích cú pháp, văn bản, tệp

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
6

Đọc một tệp (GenBank_File) và chuyển đổi nó thành một tệp khác (output_file)

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
7

Đọc nhiều tệp và trích xuất dữ liệu

Chương 5, Dữ liệu tìm kiếm

Dịch chuỗi RNA sang chuỗi protein trong ba khung đọc

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
8

từ điển

insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"

for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
    number = insulin.count(amino_acid)
    print amino_acid, number
9

Đầu ra (chứa một chuỗi dịch cho mỗi khung đọc):

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
0

Output:

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
1

Trong khi lặp lại

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
2

Output:

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
3

Tìm chuỗi A trong một tệp

Tìm kiếm một danh sách

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
4

Output:

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
5

Tìm kiếm

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
6

Output:

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
7

Đọc một tập tin và lưu trữ các mục trong từ điển

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
8

Output:

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
9

Đọc một chuỗi từ một cấu trúc

Chương 6, Lọc dữ liệu Jor

Tính toán giao điểm của hai danh sách

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
0

Output:

Venn

bộ

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    38; Bộ sưu tập không theo thứ tự bất biến của các yếu tố độc đáo.
  • Chúng không phải là đối tượng tuần tự như danh sách.
  • Chúng không thể chứa các yếu tố giống hệt nhau.
    • để loại bỏ các bản sao
    • để tính toán giao điểm
    • liên minh
    • Sự khác biệt giữa hai hoặc nhiều nhóm đối tượng
    • miễn là lệnh không quan trọng.
  • Họ không hỗ trợ các hoạt động lập chỉ mục và cắt.
  • Họ lấy các toán tử
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    48 và
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    49 (kiểm tra một yếu tố để thành viên trong một tập hợp).

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
1

Tính toán giao điểm của hai bộ

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
2

Output:

Tìm số phổ biến cho ba bộ

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
3

Output:

Tính toán sự khác biệt của hai danh sách

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
4

Output:

Tính toán sự khác biệt của hai bộ 1

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
5

Output:

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
6

Tính toán sự khác biệt của hai bộ 2

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
7

Output:

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
8

Xóa các yếu tố khỏi danh sách

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    50; trả lại và xóa giá trị đầu tiên.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    51; Trả lại và xóa một vị trí cụ thể trong chỉ mục.

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
9

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    52; Loại bỏ một vị trí cụ thể trong chỉ mục.

delete

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
0

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    53; Loại bỏ một yếu tố cụ thể.

gỡ bỏ

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
1

Cắt một danh sách

Cắt lát, tập hợp con

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
2

Loại bỏ các yếu tố khỏi từ điển

Pop, xóa

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
3

Xóa các dòng cụ thể khỏi tệp văn bản hoặc ghi lại các dòng cụ thể trong một tệp mới

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
4

Xóa một số dòng khỏi tệp văn bản

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
5

Xóa một số dòng khỏi tệp văn bản với

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
54

liệt kê

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
6

Xóa các bản sao khỏi một tệp có số gia nhập 1

bộ

  • Sử dụng một bộ nhanh hơn nhưng biến dạng thứ tự.

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
7

Xóa các bản sao khỏi danh sách các số gia nhập 2

danh sách

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
8

So sánh hai danh sách mã gia nhập bằng cách sử dụng các bộ

Đặt so sánh, khác biệt

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
9

Chương 7, Quản lý dữ liệu bảng

Dữ liệu gốc

chất đạmext1ext2ext3
0.16 0.038 0.044 0.04
0.33 0.089 0.095 0.091
0.66 0.184 0.191 0.191
1.0 0.28 0.292 0.283
1.32 0.365 0.367 0.365
1.66 0.441 0.443 0.444

Đọc dữ liệu bảng từ tệp văn bản được phân tách bằng tab

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
0

Output:

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
1

Viết danh sách lồng vào tệp văn bản

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
2

Định dạng lại một cột bốn cột đến hai cột

Tạo một bảng 2D.

In dòng bảng từng dòng.

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
3

Output:

chất đạmĐọc dữ liệu bảng từ tệp văn bản được phân tách bằng tab
0.16 0.038
0.33 0.089
0.66 0.184
1.0 0.28
1.32 0.365
1.66 0.441
0.16 0.044
0.33 0.095
0.66 0.191
1.0 0.292
1.32 0.367
1.66 0.443
0.16 0.04
0.33 0.091
0.66 0.191
1.0 0.283
1.32 0.365
1.66 0.444

Viết danh sách lồng vào tệp văn bản

  • Định dạng lại một cột bốn cột đến hai cột

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
4

  • Tạo một bảng 2D.

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
5

In dòng bảng từng dòng.

ext

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
6

Tạo một bảng; Danh sách trong danh sách

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
7

Trống 1.

ext

  • Tạo một bảng; Danh sách trong danh sách
  • Trống 1.
  • Trống 2.
  • Mã hóa danh sách 2D; Danh sách trong danh sách
  • bảng, bảng, hai chiều
  • Mã hóa một danh sách các bộ dữ liệu lồng nhau; Tuples trong một danh sách
  • Trích xuất, truy cập các hàng và ô từ bảng 2D
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    55; Trích xuất hàng thứ 2.

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
56; Trích xuất một ô đơn (hàng thứ 2, cột thứ 3).

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
8

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
57 hoặc
import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
58; Cắt lát hàng đầu tiên, giữ phần còn lại.

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
9

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
59; Xóa hàng thứ 3.

ext

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
0

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
1

  • Tạo một bảng; Danh sách trong danh sách

Trống 1.

Trống 2.

  • Mã hóa danh sách 2D; Danh sách trong danh sách

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
2

Output:

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
3

  • bảng, bảng, hai chiều
  • Mã hóa một danh sách các bộ dữ liệu lồng nhau; Tuples trong một danh sách
  • Trích xuất, truy cập các hàng và ô từ bảng 2D

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
4

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
55; Trích xuất hàng thứ 2.

ext

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
5

Tạo một bảng; Danh sách trong danh sách

  • Trống 1.

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
6

  • Trống 2.

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
7

Mã hóa danh sách 2D; Danh sách trong danh sách

bảng, bảng, hai chiều

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
8

  • Mã hóa một danh sách các bộ dữ liệu lồng nhau; Tuples trong một danh sách
  • Trích xuất, truy cập các hàng và ô từ bảng 2D
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    55; Trích xuất hàng thứ 2.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    56; Trích xuất một ô đơn (hàng thứ 2, cột thứ 3).

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
57 hoặc
import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
58; Cắt lát hàng đầu tiên, giữ phần còn lại.

output_file = open('counts.txt')
output_file.read()
output_file.close()

# vs

output_file = open('counts.txt')
output_file.read().strip()
output_file.close()
9

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
59; Xóa hàng thứ 3.

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
0

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
60; Cắt cột cột thứ 3, giữ phần còn lại.

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
1

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
61; Cắt lát cột thứ 3 và hàng thứ 4, giữ phần còn lại.

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
62; Chèn một hàng mới ở vị trí thứ 3

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
2

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
63; Chèn một hàng mới ở cuối.

Vòng lặp để truy cập từng hàng

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
3

Vòng lặp để truy cập từng ô

  • Trích xuất, các cột truy cập từ bảng 2D
    • import random
      
      alphabet = "AGCT"
      sequence = ""
      for i in range(10):
          index = random.randint(0, 3)
          sequence = sequence + alphabet[index]
      
      print sequence
      
      64; truy cập nhiều cột; Bây giờ mỗi cột nằm trong một bộ tuple riêng biệt.
    • Lật một bảng 90 độ
  • chuyển đổi cột sang hàng, hàng sang cột
    • Cột trở thành hàng. Dễ dàng hơn để trích xuất hoặc chèn các hàng và ô.
    • Nhưng các hàng bây giờ là những bộ dữ liệu bất biến!
    • Bạn không thể thao túng các tế bào riêng lẻ.
  • Danh sách và từ điển hỗn hợp:
    • Sử dụng lợi thế của cả hai loại và xây dựng bảng cho phù hợp (L, D hoặc D, L cho các hàng, cột) tùy thuộc vào các hoạt động (xem ở trên).
    • Mã khó đọc hơn hoặc ít đơn giản hơn.

Chuyển đổi một bảng từ danh sách lồng nhau sang từ điển lồng nhau

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
4

Output:

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
5

… Và chuyển đổi một từ điển lồng nhau thành một bàn

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
6

Output:

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
7

Chương 8, Dữ liệu sắp xếp

Sắp xếp một bảng theo một cột và ghi nó vào một tệp

Thêm, chỉ mục, danh sách

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    68.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    69; biến các phần tử của mỗi cột thành một khóa có thể sắp xếp.

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
8

Đầu ra (chỉ 3 dòng đầu tiên):

file1 = open('count.txt','w')
file1.write('this is just a dummy test\n')
file1.close()

file2 = open('count.txt', 'r')
print file2.read()
file2.close()

file3 = open('count.txt','a')
file3.write('this is another test\n')
file3.close()

file4 = open('count.txt', 'r')
print file4.read()
file4.close()

file5 = open('count.txt', 'w')
file5.write('this is a final test\n')
file5.close()

file6 = open('count.txt', 'r')
print file6.read()
file6.close()
9

Danh sách rất tốt để sắp xếp

  • Biểu đồ thứ tự sắp xếp ASCII (từ trên xuống dưới, từ trái sang phải):
không gian0 :MộtQ.[mộtQ.}
!!1 ;BR\brĐánh dấu
Phạm tội này2 <CS]cS{
#3 =DT^dt
$4 >EU_euDel
Phần trăm5 ?FV`fv
Không có giá trị6 @GW gw
Thì7 HX hx
.8 TôiY tôiy
)9 JZ jz
* K k
+ L l
Thì M m
- N N
. O o
/ P P

Sự khác biệt giữa

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
14 và
import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
68

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    14; Áp dụng cho danh sách
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    68; Áp dụng cho danh sách, bộ dữ liệu và khóa từ điển.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    74 Sắp xếp theo cách khác.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    75; idem.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    76 Trả về phần tử
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    35 của
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    78, một chuỗi, danh sách, một tuple hoặc từ điển.

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
0

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
1

Sắp xếp các mục trong một tệp đầu ra bảng theo thứ tự ngược lại

  • Lưu ý
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    79.

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
2

Sắp xếp một tuple bằng cách chuyển đổi nó thành một danh sách

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
3

Cả hai đầu ra:

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
4

Chuyển đổi từ điển thành danh sách được sắp xếp

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
5

Output:

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
6

Sắp xếp dây theo chiều dài của chúng

lamda, chức năng

  • Sử dụng hàm
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    80 và thay thế
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    69.

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
7

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
8

Đầu ra giống nhau:

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
9

Sắp xếp một bảng theo bảy cột trong một hoạt động

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
00

Đầu ra (chỉ 3 dòng đầu tiên):

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
01

Sắp xếp các mục trong tệp đầu ra vụ nổ theo bảng theo thứ tự ngược lại

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
02

Sắp xếp các mục trong tệp phân tách bằng dấu phẩy theo hai cột

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
03

Chương 9, Kết hợp mẫu và khai thác văn bản

Tìm một mẫu trình tự theo một chuỗi

Regex, biểu hiện chính quy

  • Gói
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    82.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
04

Output:

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
82 Phương pháp

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    84; Trả lại phân nhóm phù hợp.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    85; Trả về một tuple chứa vị trí bắt đầu và kết thúc của trận đấu.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    86; Trả lại vị trí bắt đầu.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    87; trả lại vị trí kết thúc.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    88; Tìm lần xuất hiện đầu tiên trong chuỗi.first occurence within the string.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    89; Cố gắng khớp một mẫu với một chuỗi. Nếu mẫu nằm trong chuỗi, nó sẽ không khớp với nó. Nó sẽ tìm thấy ’s trong‘ St, nhưng không phải trong ‘TST.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    90; Trả về một danh sách chứa tất cả các chuỗi con phù hợp.all the matching substrings.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    91; Tìm tất cả các đối tượng khớp tương ứng với các kết quả phù hợp với regex và trả về chúng dưới dạng một trình lặp.all the match objects corresponding to the regex matches and returns them in the form of an iterator.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
05

Ouput:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
06

Thêm các phương pháp

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
82

  • Chia regex trong các nhóm nhỏ, mỗi nhóm phù hợp với một thành phần quan tâm khác nhau.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    93; phân định một nhóm.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    94; viết tắt của ‘r,‘ bất kỳ nhân vật nào, mẫu ‘st, bất kỳ nhân vật nào khác với‘ p,.
    • ‘Bất kỳ ký tự nào cũng là một nhóm phụ.
    • Những gì từng được tìm thấy giữa
      import random
      
      alphabet = "AGCT"
      sequence = ""
      for i in range(10):
          index = random.randint(0, 3)
          sequence = sequence + alphabet[index]
      
      print sequence
      
      95 và
      import random
      
      alphabet = "AGCT"
      sequence = ""
      for i in range(10):
          index = random.randint(0, 3)
          sequence = sequence + alphabet[index]
      
      print sequence
      
      96 là một nhóm con.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    97; Thêm `{0,3}.
    • Vòng loại hoặc định lượng này có nghĩa là ít nhất 0 và nhiều nhất là 3 lần lặp lại của ‘r.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    84; Luôn trả về phần phụ khớp hoàn chỉnh (0 không có nhóm con).
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    99; trả về các nhóm nhỏ được đánh số từ trái sang phải theo thứ tự tăng (nhóm con #).

Tìm nhiều mẫu trong chuỗi tìm kiếm

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
07

Output:

Một ví dụ khác với hai nhóm nhỏ

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
08

  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    00; Trả về một tuple với các chuỗi con tương ứng với tất cả các nhóm nhỏ.

Output:

Gán tên cho phân nhóm:

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
01 và
text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
02

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
09

Ouput:

Thêm các phương pháp

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
82

  • Chia regex trong các nhóm nhỏ, mỗi nhóm phù hợp với một thành phần quan tâm khác nhau.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    93; phân định một nhóm.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    94; viết tắt của ‘r,‘ bất kỳ nhân vật nào, mẫu ‘st, bất kỳ nhân vật nào khác với‘ p,.

‘Bất kỳ ký tự nào cũng là một nhóm phụ.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
10

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
11

Những gì từng được tìm thấy giữa

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
95 và
import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
96 là một nhóm con.

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
97; Thêm `{0,3}.

Vòng loại hoặc định lượng này có nghĩa là ít nhất 0 và nhiều nhất là 3 lần lặp lại của ‘r.

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    84; Luôn trả về phần phụ khớp hoàn chỉnh (0 không có nhóm con).
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    99; trả về các nhóm nhỏ được đánh số từ trái sang phải theo thứ tự tăng (nhóm con #).
  • Tìm nhiều mẫu trong chuỗi tìm kiếm
  • Một ví dụ khác với hai nhóm nhỏ
  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    00; Trả về một tuple với các chuỗi con tương ứng với tất cả các nhóm nhỏ.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
13

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
14

Gán tên cho phân nhóm:

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
01 và
text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
02

  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    04; Chia chuỗi
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    05 tại các trận đấu của regex.
  • Nó có thể dừng lại trong lần xuất hiện đầu tiên.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
15

  • Bỏ qua vấn đề với phương pháp
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    91.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
16

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
17

Thêm các phương pháp

import random

alphabet = "AGCT"
sequence = ""
for i in range(10):
    index = random.randint(0, 3)
    sequence = sequence + alphabet[index]

print sequence
82

  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    90; Tìm kiếm tất cả các lần xuất hiện (không chồng chéo) của mẫu trong chuỗi; Trả lại một danh sách các trận đấu.
  • import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    91; Tương tự như trên ngoại trừ trả về một trình lặp thay vì một danh sách; Đối với mỗi trận đấu, trình lặp trả về một đối tượng khớp; Nó được điều chỉnh cho các vòng!
  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    21; 'HOẶC'.
  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    22; chỉ ra rằng một trận đấu chỉ tồn tại trong chuỗi chỉ khi mẫu ở vị trí cuối cùng của chuỗi.
  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    23; chỉ ra rằng một trận đấu chỉ tồn tại trong chuỗi chỉ khi mẫu ở vị trí đầu tiên của chuỗi.

Python regex, nhân vật và metacharaters

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Phần 3, Lập trình mô -đun

Chương 10, chia một chương trình thành các chức năng

Chức năng tích hợp sẵn

Chiều dài, tổng, tổng, phạm vi

  • insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    91.
  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    25.
  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    26; từ n đến m-1, n = 0 theo mặc định.
  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    27; Phù hợp tốt hơn cho số lượng lớn.

Xác định chức năng

DocString, DocStrings

  • Tài liệu được truy xuất với thuộc tính
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    28: Loại
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    29.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
18

Chức năng Lambda

  • Các chức năng ẩn danh nhỏ; Họ không được tuyên bố bằng cách sử dụng
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    30.
  • Chúng không chứa tuyên bố trả lại.
  • Chúng có thể được định nghĩa trong một đối số trong một hàm (hữu ích).
  • Có không tên.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
19

vs

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
20

hoặc

  • Sử dụng hàm
    import random
    
    alphabet = "AGCT"
    sequence = ""
    for i in range(10):
        index = random.randint(0, 3)
        sequence = sequence + alphabet[index]
    
    print sequence
    
    80 làm đối số của hàm tích hợp:

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
7

Output:

data = []

for line in open('neuron_data.txt'):
    length = float(line.strip())
    data.append(length)

n_items = len(data)
total = sum(data)
shortest = min(data)
longest = max(data)

data.sort()


output = open("results.txt","w")

output.write("number of dendritic lengths : %4i \n"%(n_items))
output.write("total dendritic length      : %6.1f \n"%(total))
output.write("shortest dendritic length   : %7.2f \n"%(shortest))
output.write("longest dendritic length    : %7.2f \n"%(longest))
output.write("%37.2f\n%37.2f"%(data[-2], data[-3]))

output.close()
9

Đối số chức năng

  1. lập luận bắt buộc.
  2. từ khóa đối số.
  3. Đối số mặc định.
  4. Đối số có độ dài thay đổi.

1. Đối số cần thiết

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
23

Output:

2. Đối số từ khóa

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
24

Output:

3. Đối số mặc định

sự phối hợp

  • Đối số được đưa ra theo mặc định; Nhưng có thể được ghi đè!

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
25

Output:

4. Đối số có độ dài thay đổi

Đối số, danh sách, tuple, từ điển

  • Tính linh hoạt của việc cung cấp bất kỳ tuple.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
26

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
27

  • Cung cấp cả các khóa và giá trị cho một từ điển được trả về.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
28

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
29

Chuyển đổi một chuỗi thành một tuple hoặc ngược lại

  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    32.
  • Trong định dạng,
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    05 là viết tắt của chuỗi,
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    34 là viết tắt của chuỗi ba ký tự.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
30

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
31

  • Sau đó, chuyển đổi tuple thành một danh sách nếu cần.

Chức năng tính khoảng cách giữa hai tọa độ

sức mạnh

  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    35.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      36 thay thế
      text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      37.
  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    38; Tính toán hình học.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      39.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
32

Đầu ra:

Chương 11 Quản lý sự phức tạp với các lớp

Các lớp học

  • Xác định một lớp:
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    40.
  • Thêm Docstrings.
  • Constructor
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    41 là một hàm đặc biệt xác định loại dữ liệu nào mà lớp của bạn nên chứa và cho phép tạo các trường hợp. Thêm một tài liệu.
  • Một lớp có thể có nhiều trường hợp.
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    42 là một ví dụ của
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    40.
  • Tạo một chức năng lớp; Một chức năng lớp hoạt động giống như một phương thức.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
33

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
34

In một đối tượng được tạo từ một lớp

  • In một đối tượng từ một lớp không phải là nhiều thông tin.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
35

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
36

  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    44 khắc phục vấn đề này. Phương thức
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    44 không có tham số ngoại trừ bản thân.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
37

Đầu ra mới:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
38

  • Không có sự khác biệt giữa

    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    46 và
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    47.

  • Đối tượng Các thuộc tính lớp được xác định trước:

    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      28: DocString.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      49: Danh sách các thuộc tính.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      50: Tên của đối tượng.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      51: Đối tượng kế thừa từ đối tượng nào. Ví dụ, ở trên, lớp PASTRAIN kế thừa từ lớp PEA. Các lớp (các lớp con) có thể kế thừa từ các lớp khác và mở rộng chức năng của chúng.
      and extend their functionality.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      52: Tên của mô -đun trong đó lớp này được xác định.
      text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      53 có nghĩa là đối tượng nằm trong mô -đun hiện tại.
  • Một tập lệnh Python có thể được nhập giống như một gói:

    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      54.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      55.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      56.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      57.
  • Từ đồng nghĩa: Gói, thư viện, mô -đun, tập lệnh, v.v.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
39

Output:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
40

  • Nhiều thuộc tính hơn:
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      58.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      59.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      60.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      61.

Chương 12, Debugging¶

sâu bọ

  • Các loại lỗi:
    1. Lỗi logic.
    2. Lỗi cú pháp.
    3. Lỗi thời gian chạy.

IDE (Eric, Pycharm, v.v.) Tự động gỡ lỗi.

1. Lỗi hợp lý (ngữ nghĩa)

  • Kết quả là sai vì chương trình làm một cái gì đó khác với những gì bạn có trong đầu.

2. Lỗi cú pháp

  • Biểu tượng sai lầm, sai lầm, vị trí sai trong mã, v.v.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
41

Lỗi 1

  • Nguyên nhân:
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    62.
  • Fix:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
42

  • Các
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    63 phổ biến khác:
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      64or cuối dòng; Một báo giá mở ở đâu đó mà không có báo giá đóng khớp.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      65; Một dấu ngoặc đơn mở, nhưng không phải là một dấu ngoặc đơn kết thúc.
    • etc.

Lỗi 2

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
43

  • Nguyên nhân:
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    66.
  • Fix:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
44

3. Lỗi thời gian chạy

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
67

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
45

  • Nguyên nhân:
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    68
  • Khắc phục: Việc mở rộng tệp là .txt.
  • Các lỗi và nguyên nhân phổ biến khác:
    • Tập tin sai, tên thư mục.
    • URL trang web sai.
    • Người dùng không có quyền hoặc truy cập.
    • Các tập tin đã được mở.
    • Vấn đề với kết nối Internet.
    • Khoảng trắng, chữ hoa, chữ thường.
    • Tập tin trong một thư mục khác.
    • Định dạng ngày dự kiến.
    • etc.

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
69

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
46

  • Nguyên nhân:
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    70. Tên ’tên đã bị sai chính tả khi được gọi.
  • Khắc phục: Thêm dòng
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    71 trước khi xảy ra lỗi. Nó cho thấy danh sách các biến được biết đến. Trong trường hợp trên, chỉ
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    72 thoát trong khi
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    73 được gọi. Chọn một.
  • Các lỗi và nguyên nhân phổ biến khác:
    • Tên đối tượng không xác định:
      • một tên không được nhập (
        text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
        # 'r' is facultative
        
        lines = text_file.readlines()
        
        text_file.close()
        
        print lines
        
        74).
      • Một tên không được khởi tạo (như trong
        text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
        # 'r' is facultative
        
        lines = text_file.readlines()
        
        text_file.close()
        
        print lines
        
        75 cho
        text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
        # 'r' is facultative
        
        lines = text_file.readlines()
        
        text_file.close()
        
        print lines
        
        76).

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
77

  • Nguyên nhân và sửa chữa: Khi
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    78 xem xét
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    79, chỉ số danh sách nằm ngoài phạm vi.

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
80

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
47

  • Nguyên nhân và sửa chữa: chìa khóa không tồn tại!

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
81

  • Nguyên nhân và sửa chữa:
    • Tên mô -đun nhập khẩu bị nhầm lẫn.
    • Mô -đun đã nhập được đặt trong một thư mục con mà không có tệp
      text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      82.
    • Hãy thử thêm nhập sys và in sys.path; Bạn cần thêm thư mục vào biến PythonPath hoặc để nối nó vào sys.path.
    • Mô -đun đã nhập có một tên trùng lặp (hai hàm có cùng tên; thử làm việc với các lớp để avoir).

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
83

  • Nguyên nhân và sửa chữa: Khi một đối tượng được tải với một loại sai để thực hiện một thao tác khác; Biến
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    84 phải là một số cho vòng lặp
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    85, nhưng thay vào đó, một chuỗi được đưa ra.
  • Các lỗi và nguyên nhân phổ biến khác:
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    86,
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    87 và
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    88.

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
89

  • Nguyên nhân và sửa chữa: Một đối tượng không hỗ trợ gán mục.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
48

  • Nguyên nhân: Không thể chuyển đổi ngầm một đối tượng.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
49

  • Fix:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
50

  • Nguyên nhân: Một đối tượng bị hiểu sai (đối với một đối tượng khác).

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
51

  • Khắc phục:
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    90.

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
91

  • Nguyên nhân và sửa chữa: Áp dụng đúng phương pháp.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
52

text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
# 'r' is facultative

lines = text_file.readlines()

text_file.close()

print lines
92

  • Nguyên nhân và sửa chữa: Một biến được tham chiếu trước khi gán.

Biện pháp đối phó để ngăn ngừa lỗi

  • Phá vỡ mã trong các phần; In vào một tệp bằng cách sử dụng
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    93.
  • So sánh đầu vào và đầu ra (in dữ liệu đầu vào, in dữ liệu đầu ra, tạo các điểm điều khiển).
  • Thêm rất nhiều câu lệnh
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    94 trong mã làm điểm kiểm soát,
  • Sử dụng tên đối tượng mô tả và rõ ràng (
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    95 tốt hơn
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    96).
  • Chức năng bắt đầu với các động từ (
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    97 tốt hơn
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    98).
  • Thêm ý kiến.
  • Tránh
    text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    74, nhưng thay vào đó là
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    00.
  • Theo PEP8 và PEP20!
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    01 và
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    02 gói.
  • IDE (Eric, Pycharm, Spyder, v.v.) Tự động gỡ lỗi và dễ dàng thực hiện
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    01 và
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    02.

Một ghi chú trên

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
05 và
text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
06

Python2, Python3, Py2, PY3

  • Trong Python 2,
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    05 lấy chính xác những gì người dùng đã nhập và chuyển nó trở lại dưới dạng chuỗi.
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    06 lấy
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    05 và cũng thực hiện
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    10 trên đó.
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    06 mong đợi một câu lệnh Python chính xác về mặt cú pháp trong đó
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    05 không có.
  • Hàm
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    10 chạy mã trong chính nó:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
53

  • Trong Python 3,
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    05 được đổi tên thành
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    06 và
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    06 cũ được loại bỏ. Nếu bạn muốn sử dụng
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    06 cũ, bạn có thể làm
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    18.

Biện pháp đối phó để ngăn ngừa lỗi: Trình gỡ lỗi Python hoặc

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
19

  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    19.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
54

  • Mã được thực thi theo từng dòng:
    • N N N -thực hiện dòng tiếp theo.
    • ‘S thực thi dòng tiếp theo nhưng không đi vào các chức năng.
    • ‘Lát cho thấy nơi trong mã hiện tại.
    • ‘C, tiếp tục thực hiện bình thường.

Countermeasurea để ngăn ngừa lỗi:

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
21

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
55

  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    22 là tùy chọn và chỉ được thực hiện nếu không có ngoại lệ nào được tạo ra.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
56

  • Thông thường, ngoại lệ là lỗi chính tả và các mục sai:
    • text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      23.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      67.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      69.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      83.
  • Hiếm khi chúng ta sẽ thấy:
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      77.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      80.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      81.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      89.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      91.
    • text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      32.

Chương 13, Sử dụng các mô -đun bên ngoài, giao diện Python để R¶

  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    33; Cầu Python với R.

Mã r:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
57

Mã Python:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
58


- Python phù hợp hơn để thực hiện các giải pháp bằng cách xây dựng GUI hoặc đóng băng mã. - RPY2 là tốt nhất của cả hai thế giới: - phân tích thống kê và trực quan hóa dữ liệu. - Sức mạnh tính toán Python với Scipy/Numpy/Pandas.
- Rpy2 is the best of both worlds:
- R statistical analyses and data visualization.
- Python computation power with SciPy/NumPy/Pandas.

Tính giá trị trung bình từ tệp bảng

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
59

Vẽ một biểu đồ

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
60

Tính toán điểm Z và giá trị P

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
61

Tạo một biểu đồ tương tác và biểu đồ từ dữ liệu trong một tệp

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
62

Tạo một lô tương tác

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
63

Tiến hành kiểm tra chi bình phương trên dữ liệu từ tệp văn bản

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
64

Chương 14, Chương trình xây dựng đường ống

  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    34.
  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    35.

Các chương trình có thể làm việc cùng với Python

  • Tạo các biến đường dẫn và tệp.
  • Tạo dòng lệnh.
  • Thực thi các lệnh từ dòng lệnh (như thể bạn đã làm nó với chuột và bàn phím) với
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    36.

Tham khảo: Phụ lục D.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
65

Command lines in Python

  • UNIX to Python:
    • UNIX
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      37;
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      38.
    • UNIX
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      39;
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      40.
    • UNIX
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      41;
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      42.
    • UNIX
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      43;
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      44.
    • UNIX
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      45;
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      46.
    • and many more.

Pipelines

  • Pipeline are scripts connecting programs to each other (run two or more external programs from command lines).
  • A program that runs another program is a wrapper.
  • Exchange filenames and data between programs.
  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    47; Python program sorted parameters.
  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    48; access or print them.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
66

  • One problem with pipelines is lagging.
  • The system call of the second program should occur when the execution of the first program has finished, especially if the second one uses as input the output of the first one.
  • Use subprocesses, such as
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    49 or
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    50, to wait for the command to complete and return a value corresponding to the program exit status (0 for success, 256 for failure)
  • A more robust trick is to insert an action and verify its success after a system call and before the subsequent system call.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
67

Attributes

  • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
    # 'r' is facultative
    
    lines = text_file.readlines()
    
    text_file.close()
    
    print lines
    
    71; Visualize attributes.
  • Some attributes are module-specific, such as locatime, whereas others refer to modules in general:
    • text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      52; return the path of the module.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      28; return the module documentation, if present.
    • text_file = open('neuron_data.txt', 'r')
      # 'r' is facultative
      
      lines = text_file.readlines()
      
      text_file.close()
      
      print lines
      
      50; return the name of the imported file without the .py suffix if the module is imported and the string
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      55 is executed.
      • Execute
        text_file = open('neuron_data.txt')
        # 'r' is facultative
        
        print text_file.read()
        
        text_file.close()
        
        56 only if the module is run from the command line and not imported by means of an import statement:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
68

Working with files and directories

  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    57 package.
  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    58; split a filename from the directory names.
  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    59; verify if the file exists, return True or False.

Export the path

  • In Windows, add the path to the PATH environment variables.
    • In PowerShell:
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      60
  • In UNIX, enter in the bash:
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    61 or
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    62.
  • In a Python code, add to the beginning of the script:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
69

  • Or with
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    63.

Read files from directories

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
70

  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    64; remove files.

  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    65 package; create temporary files.

Chapter 15, Writing Good Programs¶

Priorities

  1. Make it work.
  2. Make it nice.
  3. Make if fast.

Tips

  1. Divide a programming project into smaller tasks.
  2. What are the inputs?
  3. What are the outputs?
  4. What is between them?
  5. Write smaller programs; split a program into functions and classes.
  6. Analyze and run tests.
  7. Adopt PEP.
  8. Scaffold before writing a functional program:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
71

Adopt PEP

  • Variables in functions in lowercase.
  • Constants in modules in uppercase.
  • A function name starts with a verb.
  • After each function, two empty lines.
  • After each logical chunks of long functions, one empty line.
  • Comment.
  • Keep lines shorter than 80 characters long.
  • Each class, function, and variable has a docstring; docstrings can be read with
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    66.

Enforce PEP

  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    01 package.
    • text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      01 is a Python source code analyzer which looks for programming errors, helps enforcing a coding standard and sniffs for some code smells.
    • Download an install pylint.
    • Or install it with
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      69.
    • Doc
    • Run
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      70.
  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    02 package.
    • text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      02 is a modular source code checker (a wrapper).
    • It works with
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      73,
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      74,
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      75, and so on.

Version controls

  • Use version control programs (Mercurial, git, SVN).
  • Use repository (GitHub, Bitbucket) to control program versions.
    • GitHub
    • Bitbucket
    • SourceForce
    • Gitlab
    • and others.

Before releasing (to a repository)

  1. Create a directory with a concise name containing all the project.
  2. Set a version number (0.1 or 1.0).
  3. Write a README.TXT file with the name of the program, the author, contacts, numbers, emails, a version number, the program purpose in 50-100 words, how to use the program, simple command-line examples, the license (“All rights reserved”, MIT, etc.)
  4. Create a zip file out of the directory including the README.TXT file in addition to the unzipped directory.
  5. Release the project on a repository (for example, with git, push the project to the repository).

Releasing a distribution

  • Release a distribution to a repository for others to download and install.

Freezing a program

  • Non-programmer would rather want an execuble program they can unzip and run.
  • Compile the code or freeze it!
    1. text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      76 is a set of utilities that create standalone executables from python scripts for any platform or OS.
      i. There are alternatives to ‘cx_freeze’ such as
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      77.
    2. text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      78 is a simpler alternative (it is not as flexible as
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      76 but it can create single files).
    3. text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      80 is a Python package that provides support for building and installing additional modules (libraries or packages) into a Python installation. The new modules may be either 100%-pure Python, written in C, or coded in both Python and C.
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      80 autogenerates an install script.
      i. Such distribution needs a
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      82 file with the group of subdirectories and program files.
      i.
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      83 is an extension to the
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      80 package to create executable files on Windows.
      i.
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      85 is an extension to the
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      80 packages to create executable files on OS X.
    4. text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      87 là một trình biên dịch Python, tương thích với CPython. tôi. CPYThon là một trình thông dịch mã nguồn với một giao diện với một số ngôn ngữ, bao gồm C, trong đó người ta phải viết rõ ràng các ràng buộc bằng một ngôn ngữ khác ngoài Python.
      i. CPython is a source code interpreter with an interface with several languages, including C, in which one must explicitly write bindings in a language other than Python.
    5. text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      88 là một giải pháp thay thế cho
      text_file = open('neuron_data.txt')
      # 'r' is facultative
      
      print text_file.read()
      
      text_file.close()
      
      87.
    6. Cython là một ngôn ngữ được biên dịch tạo ra các mô -đun mở rộng CPYThon.
    7. Jython cũng làm như vậy, nhưng trong Java.

Cải tiến liên tục

  • Một chương trình tốt không bao giờ kết thúc:
    1. Tạo một bản phát hành cơ bản.
    2. Cập nhật và phát hành các phiên bản mới. Nói với người dùng những gì mới.
    3. Nghe người dùng, cải thiện nó.
    4. Tiếp tục lập trình.

Phát triển phần mềm

  • Tuyên ngôn Agile.
  • Phương pháp: Scrum, lập trình cực đoan, v.v.

Phần 4, Trực quan hóa dữ liệu

Chương 16, Tạo sơ đồ khoa học

  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    90.
  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    91 hoặc
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    92.
  • Mẹo: Cài đặt toàn bộ ngăn xếp Scipy: (Python (2.x> = 2.6 hoặc 3.x> = 3.2), Numpy (> = 1.6), Thư viện SCIPY (> = 0.10), matplotlib (> = 1.1) với DateUtil và pytz, ipython (> = 0,13) với pyzmq và lốc xoáy, gấu trúc (> = 0,8), sympy (> = 0,7), mũi (> = 1.1).
  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    93 phụ thuộc vào
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    91 để đọc và lưu các tệp hình ảnh JPEG, BMP và TIFF.
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    93 yêu cầu Miktex và Ghostscript để kết xuất văn bản với latex. FFMPEG, AVCONV, MENCODER hoặc IMAGEMAGICK được yêu cầu cho mô -đun hoạt hình. Thêm
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    96,
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    97 và Inkscape.

Vẽ một lô đơn giản

  • Cung cấp
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    98 điểm.
  • text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    99; Chức năng chính là
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    00.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    01; Lưu cốt truyện trong một tập tin.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    02; Hiển thị cốt truyện trong một cửa sổ.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
72

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Vẽ một hàm sin

  • Tạo
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    98 điểm; đầu tiên
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33; sau đó tạo
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    05 với
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    00 với loại dòng
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    08 và
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    09.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
73

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Vẽ một biểu đồ

  • Cung cấp các điểm
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    98 trong danh sách và số lượng thùng.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    11 cần
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    12 điểm và
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    13.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    14 là viết tắt của độ trong suốt màu sắc đồ thị.
  • Thêm một tiêu đề, nhãn, trục và đường lưới.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
74

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Vẽ một lô thanh

  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    15: Hai loạt,
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    16 và
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    17 với mỗi bốn loại,
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    18.
  • Thêm một tiêu đề, nhãn, trục và đánh dấu vào các trục, và một huyền thoại.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    19, trong đó phần tử đầu tiên là danh sách
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33 điểm và phần tử thứ hai là biến nhãn.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    21 lấy nhãn của tất cả các bộ dữ liệu được vẽ.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    22 được đặt với một danh sách [từ trái sang phải, dưới cùng và trên cùng].

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
75

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Thêm các thanh lỗi vào biểu đồ phân tán hoặc biểu đồ thanh

  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    23.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    24.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
76

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Vẽ biểu đồ hình tròn với các lát nhô ra

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
77

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

  • Có thể sử dụng các ký hiệu toán học, chỉ số và siêu ký tự trong chuỗi:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      25.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      26.
  • Có thể sử dụng trình giữ chỗ cho các biến như:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      27.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      28.
    • vân vân.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      29 là viết tắt của tỷ lệ phần trăm.
  • Thay đổi độ phân giải tệp hình ảnh (dpi = 100 hoặc 150 hoặc 300 hoặc 600) như trong
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    30.
  • Màu sắc dựa trên thư viện PIL.
  • PIL có 140 màu (tên màu x11) như:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      31,
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      32,
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      33, v.v.
    • Trong RGB, màu đỏ là
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      34.
    • Trắng là
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      35 hoặc
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      36.
    • Đen là
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      37 hoặc
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      38.
    • etc.
  • Tên màu X11.

Chương 18, Thao tác hình ảnh

  • Gói
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    91 hoặc
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    92.

Mẹo: Cài đặt toàn bộ ngăn xếp Scipy: (Python (2.x> = 2.6 hoặc 3.x> = 3.2), Numpy (> = 1.6), Thư viện SCIPY (> = 0.10), matplotlib (> = 1.1) với DateUtil và pytz, ipython (> = 0,13) với pyzmq và lốc xoáy, gấu trúc (> = 0,8), sympy (> = 0,7), mũi (> = 1.1).

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
78

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
93 phụ thuộc vào
text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
91 để đọc và lưu các tệp hình ảnh JPEG, BMP và TIFF.
text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
93 yêu cầu Miktex và Ghostscript để kết xuất văn bản với latex. FFMPEG, AVCONV, MENCODER hoặc IMAGEMAGICK được yêu cầu cho mô -đun hoạt hình. Thêm
text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
96,
text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
97 và Inkscape.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
79

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Vẽ một lô đơn giản

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
80

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Cung cấp

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
98 điểm.

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
81

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
99; Chức năng chính là

output_file = open('counts.txt', 'w')
# 'w' is mandatory

output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')

output_file.close()
01; Lưu cốt truyện trong một tập tin.

  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    02; Hiển thị cốt truyện trong một cửa sổ.
  • Vẽ một hàm sin
  • Tạo
    text_file = open('neuron_data.txt')
    # 'r' is facultative
    
    print text_file.read()
    
    text_file.close()
    
    98 điểm; đầu tiên
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33; sau đó tạo
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    05 với
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    00 với loại dòng
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    08 và
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    09.
  • Vẽ một biểu đồ

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
82

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Cung cấp các điểm

text_file = open('neuron_data.txt')
# 'r' is facultative

print text_file.read()

text_file.close()
98 trong danh sách và số lượng thùng.

  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    11 cần
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    12 điểm và
    output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    13.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      14 là viết tắt của độ trong suốt màu sắc đồ thị.
    • Thêm một tiêu đề, nhãn, trục và đường lưới.
    • Vẽ một lô thanh
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      15: Hai loạt,
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      16 và
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      17 với mỗi bốn loại,
      output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      18.
    • Thêm một tiêu đề, nhãn, trục và đánh dấu vào các trục, và một huyền thoại.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    19, trong đó phần tử đầu tiên là danh sách
    insulin = "GIVEQCCTSICSLYQLENYCNFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKT"
    
    for amino_acid in "ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY":
        number = insulin.count(amino_acid)
        print amino_acid, number
    
    33 điểm và phần tử thứ hai là biến nhãn.
  • output_file = open('counts.txt', 'w')
    # 'w' is mandatory
    
    output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
    
    output_file.close()
    
    21 lấy nhãn của tất cả các bộ dữ liệu được vẽ.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      22 được đặt với một danh sách [từ trái sang phải, dưới cùng và trên cùng].
  • Thêm các thanh lỗi vào biểu đồ phân tán hoặc biểu đồ thanh
    • Vẽ biểu đồ hình tròn với các lát nhô ra
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      57
  • Có thể sử dụng các ký hiệu toán học, chỉ số và siêu ký tự trong chuỗi:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      58.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      59.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      60.
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      61
      • output_file = open('counts.txt', 'w')
        # 'w' is mandatory
        
        output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
        
        output_file.close()
        
        62
      • output_file = open('counts.txt', 'w')
        # 'w' is mandatory
        
        output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
        
        output_file.close()
        
        63
  • Vẽ một vòng cung:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      64
  • Vẽ một đa giác:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      65
  • Vẽ đường thẳng:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      66
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      67
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      68
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      69
  • Xoay hình ảnh:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      70
  • Thêm văn bản:
    • output_file = open('counts.txt', 'w')
      # 'w' is mandatory
      
      output_file.write('number of neuron lengths: 7\n')
      
      output_file.close()
      
      71

Vẽ hình ảnh của một plasmid và dán nhãn nó

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
83

Result:

Hướng dẫn python biological data - dữ liệu sinh học trăn

Phần 6, Cookbook¶

Công thức 2, đảo ngược và ngẫu nhiên một chuỗi

Sắp xếp, đảo ngược, ngẫu nhiên, xác suất, danh sách, vòng lặp

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
84

Ouput:

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
85

Công thức 3, tạo một chuỗi ngẫu nhiên với xác suất Bur

ngẫu nhiên, danh sách, tạo, xác suất

>>> 'protein'.count('r')
1
>>> 'occurence'.count('c')
3
86