Hướng dẫn biopython applications - ứng dụng chạy đường dài sinh học

Đã đăng vào thg 9 27, 2017 2:54 SA 2 phút đọc 2 phút đọc

Bài hướng dẫn này mình sử dụng microframework Flask làm web app. Những framework khác của Python như Django, Pyramid, Tornado ... có thể làm tương tự. Máy tính client để mình code chạy trên Ubuntu 16.04 cùng với Python 2.7.12.

Chuẩn bị

Trước khi chạy và deploy ứng dụng Python web, bạn cần phải chuẩn bị

1. Sử dụng Cloud Platform để tạo mới Cloud Platform project. Tạo mới một App Engine application và tất nhiên là enable billing tại: Consle Cloud Google

2. Cài đặt một số tool cần thiết:

• Git
• Google Cloud SDK

Tạo web Flask đơn giản

Ở bài hưởng dẫn này, mình sẽ tạo một web đơn giản. Nó sẽ in ra dòng

Flask==0.12.2
gunicorn==19.7.1

Đầu tiên, tạo một thư mục project

Flask==0.12.2
gunicorn==19.7.1

• main.py: chạy web
• requirements.txt: quản lý lib python
• app.yaml: cấu hình deploy và chạy code trên Google App Engine

Tạo một file

Flask==0.12.2
gunicorn==19.7.1

import logging

from flask import Flask


app = Flask(__name__)


@app.route('/')
def hello():
    """Return a friendly HTTP greeting."""
    return 'Hello World!'


@app.errorhandler(500)
def server_error(e):
    logging.exception('An error occurred during a request.')
    return """
    An internal error occurred: <pre>{}</pre>
    See logs for full stacktrace.
    """.format(e), 500


if __name__ == '__main__':
    # This is used when running locally. Gunicorn is used to run the
    # application on Google App Engine. See entrypoint in app.yaml.
    app.run(host='127.0.0.1', port=8080, debug=True)

Tạo một file

Flask==0.12.2
gunicorn==19.7.1

Flask==0.12.2
gunicorn==19.7.1

Tiếp theo, bạn chạy thử ứng dụng:

1. Nếu bạn không có

   sudo pip install virtualenv
   

   0 bạn có thể cài đặt chúng qua pip

sudo pip install virtualenv

1. Tạo môi trường cô lập và cài đặt các gói cần thiết

virtualenv venv
source venv/bin/activate
pip install -r requirements.txt

1. Chạy thử

python main.py

1. Trên trình duyệt, gõ địa chỉ:

http://localhost:8080

Deploy

Trước khi deploy, bạn cần tạo một file

sudo pip install virtualenv

runtime: python
env: flex
entrypoint: gunicorn -b :$PORT main:app

runtime_config:
  python_version: 2

Điểm chú ý ở đây là

sudo pip install virtualenv

sudo pip install virtualenv

OK. Tiếp theo là việc deploy.

1. sudo pip install virtualenv
   

   4 tới thư mục project

   Flask==0.12.2
   gunicorn==19.7.1
   

   7. Sau đó, gõ lệnh deploy:

gcloud app deploy

Sau khi bạn cài đặt xong Google Cloud SDK bạn có thể sử dụng CLI

sudo pip install virtualenv

1. Trên browser bạn có thể xem kết quả của bạn tại

   sudo pip install virtualenv
   

   7. Hoặc có thể sử dụng

   sudo pip install virtualenv
   

   6:

gcloud app browse

Đã hoàn thành!!

Điểm mấu chốt của bài hướng dẫn

• Tạo được project trên Goold App Engine
• Cài được CLI

  sudo pip install virtualenv
  

  6 tools
• Có một web app Python: tất nhiên rồi
• Chú ý cấu hình trên

  sudo pip install virtualenv
  

  1 file.

Chúc bạn thành công !!!

All rights reserved