tôi muốn viết một. pdb bằng Python chỉ có phần ATOM và chỉ các nguyên tử CA. Tôi có số nguyên tử, tọa độ, số dư, tên dư được lưu trong danh sách. Ngay bây giờ tôi có thể xuất ra một 'ra. pdb' bằng cách lấy cấu trúc đầu vào của tôi. pdb và thay đổi tọa độ của nó. Nhưng 'ra. pdb' có thêm hai cột ở cuối. Làm cách nào để loại bỏ hai cột đó nếu không cần thiết? . Làm cách nào tôi có thể loại bỏ chúng và có cấu trúc giống như đầu vào. tập tin pdb? Hoặc có cách nào có thể ghi trực tiếp tệp pdb với dữ liệu của bạn được lưu trong danh sách không? from Bio.PDB import PDBParser, PDBIO
import warnings
warnings.filterwarnings("ignore")
coords_new = [[45.4056827034036, 14.676620893023902, -13.3284724550434], [46.505193096144595, 18.247741627288004, -13.979246299912498], [43.575086267207794, 19.6514943083501, -11.8916310622377], [44.214366767010596, 17.2892618494996, -8.994544378391799], [47.9484897816242, 17.992764350089598, -9.270155594798], [47.3447896246402, 21.742333312746695, -8.9523510727652], [45.19326743506019, 21.1762785646063, -5.879506089713499], [48.1078836572924, 19.3485028504071, -4.256579653994499], [50.299364376255795, 22.4286344474015, -4.7328270720172], [47.5996555158156, 24.8597494278958, -3.5933434084641993], [46.6566408061724, 23.036559732133597, -0.37956796651809765], [50.3127267231322, 22.534299202101103, 0.5193686983682013], [51.6750662533142, 25.9323855258029, -0.5255611273936994], [48.8830110535566, 27.843520824069998, 1.219842731982901], [46.414040312215995, 27.6037649538902, 4.076231116089902], [43.1132198189748, 26.7556036742906, 2.4312713853718], [40.3729670255654, 26.7845341468773, 5.082178146364102], [37.3227356089808, 26.692945118621502, 2.7809276697403007], [36.12161768531799, 25.0966098419658, -0.45247462809499983], [35.463736805233, 28.521013088423, -1.9540168862693992], [39.0853505490242, 29.4677450869832, -1.2542066166540993], [40.180909784916196, 26.384182975218298, -3.159537995535099], [37.7898490777432, 27.0818519218207, -6.0277556889663995], [39.0315598262322, 30.6593041631666, -6.2089265410048995], [42.701812424836795, 29.678477676785096, -6.282331344257899], [42.003056967193196, 27.080131180919498, -8.9781218218126], [40.218858705509994, 29.5967600398635, -11.2145224455278], [43.0742625692808, 32.0936735016348, -10.822128588550301], [45.4660212405862, 29.3068547001557, -11.8209300828722], [43.554637112814994, 29.023294894688, -15.1054643808607], [41.2191629531948, 26.158011564844198, -14.2068354869642], [37.59890096273399, 26.9374039912445, -15.005689394564799], [35.934412570849396, 24.727026358434998, -12.3838026476557], [32.4846085476058, 24.6116296742309, -10.7622882920378], [32.0251893801684, 24.410814084560297, -6.995329687418997], [30.506389520485996, 20.945217834708, -7.6141112475384976], [33.56237742886319, 19.5811150305358, -9.4145421522234], [35.8834512877582, 20.8631237302413, -6.666571112180398], [33.603435628776396, 19.2883099666904, -4.068448866276699], [33.984852161971595, 15.956479185727598, -5.816414848564098], [37.740402834281596, 16.4640054151807, -6.133295383305398], [38.0125649618062, 16.884137451730904, -2.368540032692399], [36.309588462219196, 13.516555425980197, -1.9717714082907976], [38.2958192698716, 11.802737693120001, -4.733026549913899], [41.6307175229218, 12.9506154415838, -3.3245890054266987], [40.380027802848, 12.118003084003696, 0.17665404338250146], [41.5761404242158, 15.474860119008998, 1.4947171844156004], [41.4860878050742, 16.0176403870303, 5.252480496284402], [41.062971764611795, 18.957052598687998, 7.6377045248856], [44.044492153569195, 19.5959292326961, 9.900483307216804], [44.4526400282834, 21.9956018431723, 12.839028640544997], [46.657578648963195, 24.938571696951097, 12.071979673199099], [48.5116619317092, 26.910202291490698, 14.731675892819702], [45.46073009485279, 28.915896361577897, 15.883748035962302], [42.875530179471, 26.135946435991098, 16.1328299668996], [41.2519571574782, 26.828577348087297, 12.801333446783602], [41.3529822027142, 24.0176857229469, 10.242187453963902], [43.0922502850682, 24.135845428116703, 6.884873524319901], [43.1184171973414, 21.4565243542508, 4.204820749358301], [45.5366700543574, 18.5687941814097, 3.951268846325701], [46.1317371854166, 15.437283925607499, 1.8934591788822026], [45.87433681906819, 11.8274826809213, 3.0677189563303013], [49.6606510045644, 12.0261722548139, 3.022537752547003], [49.9275326499694, 14.418967068098897, 5.962679444699701], [52.1904167794538, 12.833466417890996, 8.5619424374808], [50.42230316714719, 15.0807933595054, 11.070724187912601], [46.935870035574595, 13.692416568435995, 11.816649052949801], [45.485596029030596, 10.157712383733696, 11.541824322690804], [48.745152415408796, 8.082194195343504, 12.077572783226602], [46.58675145388239, 5.436869749886895, 13.760671671313302], [44.39795795970059, 4.937775404410701, 10.709807879561302], [47.45212754428739, 4.6684451027455935, 8.451933140695601], [48.95431989499039, 2.1122267812582933, 10.844814883467103], [45.810412844306796, -0.010462862396302341, 10.770067756498802], [45.81958817667219, 0.0901348559949966, 6.967699163902801], [49.522572692781196, -0.7033645680370029, 6.688395858250504], [49.4818299250546, -3.5241600327493003, 9.225146136355999], [46.59775120467219, -5.3784923283457005, 7.543414388196205], [48.592093770220394, -5.168761324310701, 4.325304284833203], [52.185401495993986, -5.988918756560608, 5.301999925207801], [51.90680165526239, -7.803360617237502, 8.658944348924098], [53.3127663836806, -11.351129604774904, 8.713756691092701], [54.136755245321595, -12.234814571809608, 12.316952527654202], [54.781928532996595, -10.73426876051331, 15.743279525873806], [56.96347467985699, -12.179246129198603, 18.494250593367404], [58.60297285790279, -10.887386866439208, 21.650102201276], [60.343974422934, -11.367664533200106, 24.9792245954072], [60.43240940110479, -9.118547761786402, 28.027940719330303], [59.954232350508796, -5.525557115543101, 26.915779793946804], [60.938238168523995, -6.1949098908300115, 23.292608750048203], [58.66651032768959, -6.858157014381895, 20.290084999610308], [59.836416588472396, -8.177801052398102, 16.924928100649], [57.45063987207179, -7.460073544365606, 14.062603925256404], [57.91592244050639, -9.131022815321408, 10.679444652253402], [56.4589064805902, -7.588688542524103, 7.526464080662701], [56.470478006502596, -8.042250142539707, 3.7636265906278012], [59.90924810958519, -7.220653967940507, 2.3139887382380016], [60.8696608047198, -3.5629282313400026, 2.4937577304068004], [57.941352640477405, -2.468316984102003, 4.644565837106902], [59.54237444539599, -2.4382634707892024, 8.093674702945604], [60.6841409295066, 1.1801244573564986, 7.847855466823904], [57.22609880048199, 2.4583501757348003, 6.901204186574202], [55.65709853207939, 0.8879087283291938, 10.0051870825163], [58.469400957631194, 2.169624424999398, 12.187490897559499], [57.7875725569026, 5.7299580864875, 11.089946706883403], [54.0573076430888, 5.354845099201697, 11.771867463700104], [54.669167206808396, 3.905362883637899, 15.213354814023006], [57.0978671839124, 6.775059963017796, 15.8519846706481], [54.3786703411476, 9.295094430032897, 14.858850331843605], [51.8922148009032, 7.742466649599301, 17.3139014151015], [54.141452689027, 8.909527723157403, 20.121643991395402], [52.927728698736, 6.236570473828799, 22.575184212923602], [54.4358946581478, 6.416241712247896, 26.028455804740403], [54.79841676805599, 2.6388110385732944, 26.092808154515602], [57.2273842977152, 2.7459363277503, 23.16731932150501], [60.7315052856096, 4.014236736923202, 23.881489591207494], [61.78223624138499, 3.662588468202692, 20.265908178121602], [61.931661280855394, 1.434115763897296, 17.191241437685505], [64.7470362889774, 0.10942992201219681, 14.995927340980003], [63.86850119069959, -1.0705798993178064, 11.502847481534898], [65.6286010648364, -3.269972668447899, 9.017626187566599], [64.1702141115356, -4.262591788726404, 5.728353961329807], [61.41791253548719, -6.6992182026795035, 6.755135706728507], [61.833499191838996, -6.6186760201591, 10.5195228666387], [60.95306404362739, -4.004089837255698, 13.097163850610901], [62.1844159162402, -4.017162952033097, 16.6756335879979], [59.891662277422796, -2.1921702667203036, 19.076264432127605], [61.5450157808464, -1.3073342859845027, 22.379242101105103], [58.907907432845, -0.7398628877409053, 25.0638519000566], [59.312269114667, 0.8822428435603982, 28.5042840863264], [58.4781793956664, -2.3306632097751034, 30.3820412678934], [57.268662431649794, -5.920069482677995, 29.8050349233391], [53.765127087351196, -4.842723666227606, 30.808279700005595], [53.827694766194, -2.1036697895290075, 28.203199442799097], [55.093379917194596, -4.591654561731097, 25.6140034533193], [52.0336004197014, -6.7519123365833025, 26.212035034671803], [49.711084011758196, -3.7673127649199074, 25.909054951276097], [51.282462824121595, -2.718807360314102, 22.602259063260803], [51.144994026989394, -6.268626375797801, 21.2500356027733], [47.42088370392379, -6.619326172320207, 21.8620126884687], [46.811533692939996, -3.1501582852917025, 20.466120237206994], [48.6171118777578, -4.100785972184504, 17.255061156516298], [47.031656416903594, -7.543945290762906, 16.8769092183303], [43.57589364974479, -6.0503423963074, 17.388775499435905], [44.22720845292879, -3.93621275879881, 14.291314780789403], [44.0808421889588, -7.012090834842795, 12.060064687554103]]
anum = ['2', '6', '15', '26', '36', '44', '53', '61', '72', '81', '89', '97', '105', '111', '119', '127', '135', '144', '151', '160', '168', '177', '185', '192', '200', '211', '219', '230', '239', '244', '248', '259', '267', '274', '281', '290', '295', '302', '309', '315', '326', '334', '342', '351', '360', '368', '377', '385', '392', '401', '408', '415', '423', '428', '436', '440', '451', '463', '472', '484', '490', '498', '505', '511', '519', '528', '539', '550', '558', '565', '573', '582', '591', '599', '608', '619', '624', '632', '639', '647', '654', '665', '673', '682', '690', '698', '702', '709', '713', '721', '729', '737', '744', '752', '763', '770', '778', '785', '789', '797', '802', '812', '817', '825', '829', '836', '844', '852', '860', '868', '876', '884', '898', '906', '915', '923', '930', '934', '941', '949', '955', '959', '967', '975', '982', '988', '996', '1004', '1012', '1018', '1029', '1036', '1043', '1052', '1060', '1065', '1074', '1083', '1090', '1096', '1104', '1113', '1121', '1129', '1135', '1143']
io = PDBIO()
p = PDBParser()
structure = p.get_structure("1b4aA", "1b4aA.pdb") # input files
i = 0
for model in structure:
for chain in model:
for residue in chain:
for atom in residue:
atom.set_coord(coords_new[i]) # change coordinates
i += 1
io.set_structure(structure)
io.save("out.pdb", preserve_atom_numbering = True)
Đầu ra mục tiêu sẽ trông giống như ATOM 2 CA GLY 1 45.406 14.677 -13.328
ATOM 6 CA GLN 2 46.505 18.248 -13.979
....
ATOM 1143 CA LEU 146 44.081 -7.012 12.060
TER
Nhưng ngay bây giờ tôi chỉ có thể làm cho nó giống như ATOM 2 CA GLY 1 45.406 14.677 -13.328 0.00 C
ATOM 6 CA GLN 2 46.505 18.248 -13.979 0.00 C
....
ATOM 1143 CA LEU 146 44.081 -7.012 12.060 0.00 C
TER 1143 LEU 146
END
đầu ra PDB python • 3. 4k lượt xemTHÊM NHẬN XÉT • được cập nhật 17 tháng trước bởi Nitin Narwade ★ 1. 3k • được viết 17 tháng trước bởi Jingtong • 0 0 Vào chế độ chỉnh sửa 17 tháng trước Nitin Narwade ★ 1. 3k Tôi đoán bạn đang thiếu atom.set_serial_number(anum[i]) trong vòng lặp for của mình, trước i += 1 THÊM NHẬN XÉT • 17 tháng trước bởi Nitin Narwade ★ 1. 3k 0 Vào chế độ chỉnh sửa Tôi đã thêm nó vào mã của mình, nhưng có vẻ như nó không hoạt động. các 'ra. pdb' không thay đổi xem anum là danh sách int hay str THÊM TRẢ LỜI • 17 tháng trước bởi Jingtong • 0 0 Vào chế độ chỉnh sửa Tôi nghĩ nó có thể hoạt động với get_serial_number của tệp đầu vào và số set_serial cho cấu trúc? structure = p.get_structure("1b4aA", "1b4aA.pdb")
for model in structure:
for chain in model:
for residue in chain:
for atom in residue:
atom.set_coord(coords_new[i])
anum = atom.get_serial_number() #code added
atom.set_serial_number(anum) #code added
i += 1
Nếu chúng tôi in anum, chúng tôi có một chuỗi số nguyên tử chính xác trong lần lặp lại, nhưng đầu ra. pdb vẫn không thay đổi vì lý do nào đó? THÊM TRẢ LỜI • 17 tháng trước bởi Jingtong • 0 1 Vào chế độ chỉnh sửa Vâng, hiểu rồi Mọi thứ đều hoàn hảo nhưng khi bạn xuất cấu trúc bằng phương pháp save thì nó đang khởi tạo lại số sê-ri Vì vậy, bạn cần truyền một tham số bổ sung trong khi lưu cấu trúc đã cập nhật, đó là, preserve_atom_numbering = True Vì vậy, đây là những dòng cập nhật atom.set_serial_number(int(anum[i])) # For now I typecast the anum to int, but better you initialize the anum with integer.
......
io.save("out.pdb", preserve_atom_numbering = True) #Here is the little thing which we were missing.
Chúc mừng THÊM TRẢ LỜI • 17 tháng trước bởi Nitin Narwade ★ 1. 3k 0 Vào chế độ chỉnh sửa Vâng nó hoạt động. Cảm ơn rất nhiều THÊM TRẢ LỜI • 17 tháng trước bởi Jingtong • 0 0 Vào chế độ chỉnh sửa Ngoài ra, bạn có thể xem phiên bản cập nhật của câu hỏi này không? . Cảm ơn
Làm cách nào để đọc tệp PDB bằng Python?
Đọc tệp PDB. Viết một hàm readPDBfile(filename) sẽ đọc các nguyên tử của một loại protein được lưu trữ trong tệp pdb có tên được đặt làm đối số . Hàm của bạn sẽ trả về một bộ Python chứa 4 giá trị. (anum, aname, resno, coords). anum phải là một mảng có số sê-ri cho mỗi nguyên tử.
Làm cách nào để phân tích cú pháp tệp PDB?
Hetatm là gì?
HETATM. bản ghi tọa độ nguyên tử chứa tọa độ Å trực giao X, Y, Z cho các nguyên tử trong dư lượng không chuẩn . Dư lượng không đạt tiêu chuẩn bao gồm chất ức chế, đồng yếu tố, ion và dung môi. Sự khác biệt về chức năng duy nhất so với các bản ghi ATOM là các phần dư HETATM theo mặc định không được kết nối với các phần dư khác.
PDB sinh học là gì?
Sinh học. PDB là mô-đun biopython tập trung vào làm việc với cấu trúc tinh thể của các đại phân tử sinh học . Tài liệu này cung cấp một cái nhìn tổng quan khá đầy đủ về Bio. |
