Hướng dẫn friedman test python - trăn thử nghiệm Friedman


Thử nghiệm Friedman là một thay thế không tham số cho các biện pháp lặp đi lặp lại ANOVA. Nó được sử dụng để xác định liệu có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa các phương tiện của ba hoặc nhiều nhóm trong đó cùng một đối tượng xuất hiện trong mỗi nhóm.

Hướng dẫn này giải thích cách thực hiện bài kiểm tra Friedman trong Python.

Ví dụ: Bài kiểm tra Friedman trong Python

Một nhà nghiên cứu muốn biết liệu thời gian phản ứng của bệnh nhân có bằng với ba loại thuốc khác nhau không. Để kiểm tra điều này, anh ta đo thời gian phản ứng (tính bằng giây) của 10 bệnh nhân khác nhau trên mỗi ba loại thuốc.

Sử dụng các bước sau đây để thực hiện thử nghiệm Friedman trong Python để xác định xem thời gian phản ứng trung bình có khác nhau giữa các loại thuốc hay không.

Bước 1: Nhập dữ liệu.

Đầu tiên, chúng tôi sẽ tạo ra ba mảng có chứa thời gian phản hồi cho mỗi bệnh nhân trên mỗi ba loại thuốc:

group1 = [4, 6, 3, 4, 3, 2, 2, 7, 6, 5]
group2 = [5, 6, 8, 7, 7, 8, 4, 6, 4, 5]
group3 = [2, 4, 4, 3, 2, 2, 1, 4, 3, 2]

Bước 2: Thực hiện bài kiểm tra Friedman.

Tiếp theo, chúng tôi sẽ thực hiện thử nghiệm Friedman bằng cách sử dụng hàm friedManChisAnquare () từ thư viện scipy.stats:

from scipy import stats

#perform Friedman Test
stats.friedmanchisquare(group1, group2, group3)

(statistic=13.3514, pvalue=0.00126)

Bước 3: Giải thích kết quả.

Bài kiểm tra Friedman sử dụng các giả thuyết null và thay thế sau đây:

Giả thuyết null (H0): & nbsp; giá trị trung bình cho mỗi dân số là bằng nhau. The mean for each population is equal.

Giả thuyết thay thế: (ha): & nbsp; ít nhất một dân số có nghĩa là khác với phần còn lại. At least one population mean is different from the rest.

Trong ví dụ này, thống kê kiểm tra là & nbsp; 13.3514 & nbsp; và giá trị p tương ứng là p = & nbsp; 0,00126. Vì giá trị p này nhỏ hơn 0,05, chúng ta có thể bác bỏ giả thuyết khống rằng thời gian đáp ứng trung bình là giống nhau đối với cả ba loại thuốc.13.3514 and the corresponding p-value is p = 0.00126. Since this p-value is less than 0.05, we can reject the null hypothesis that the mean response time is the same for all three drugs.

Nói cách khác, chúng tôi có đủ bằng chứng để kết luận rằng loại thuốc được sử dụng dẫn đến sự khác biệt có ý nghĩa thống kê về thời gian đáp ứng.


Thử nghiệm Friedman là một thay thế không tham số cho các biện pháp lặp đi lặp lại ANOVA. Nó được sử dụng để xác định liệu có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa các phương tiện của ba hoặc nhiều nhóm trong đó cùng một đối tượng xuất hiện trong mỗi nhóm.

Nội phân Chính showShow

  • Ví dụ: Bài kiểm tra Friedman trong Python
  • Thử nghiệm Friedman ở Python
  • Ví dụ về dữ liệu kiểm tra Friedman
  • Tải dữ liệu
  • Tóm tắt Thống kê và Trực quan hóa Bộ dữ liệu
  • Thực hiện kiểm tra Friedman
  • Kích thước hiệu ứng kiểm tra Friedman
  • Bài kiểm tra sau hoc
  • Nâng cao kỹ năng của bạn với các khóa học về học máy và Python
  • Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra Friedman?
  • Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra nemenyi?
  • Thử nghiệm Friedmans cho thấy gì?
  • Sự khác biệt giữa Kruskal Wallis và Friedman Thử nghiệm là gì?

Hướng dẫn này giải thích cách thực hiện bài kiểm tra Friedman trong Python.

Ví dụ: Bài kiểm tra Friedman trong Python

Thử nghiệm Friedman ở Python

Ví dụ về dữ liệu kiểm tra Friedman

Tải dữ liệu

Tóm tắt Thống kê và Trực quan hóa Bộ dữ liệu

group1 = [4, 6, 3, 4, 3, 2, 2, 7, 6, 5]
group2 = [5, 6, 8, 7, 7, 8, 4, 6, 4, 5]
group3 = [2, 4, 4, 3, 2, 2, 1, 4, 3, 2]

Thực hiện kiểm tra Friedman

Kích thước hiệu ứng kiểm tra Friedman

from scipy import stats

#perform Friedman Test
stats.friedmanchisquare(group1, group2, group3)

(statistic=13.3514, pvalue=0.00126)

Bài kiểm tra sau hoc

Nâng cao kỹ năng của bạn với các khóa học về học máy và Python

Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra Friedman? The mean for each population is equal.

Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra nemenyi? At least one population mean is different from the rest.

Thử nghiệm Friedmans cho thấy gì?13.3514 and the corresponding p-value is p = 0.00126. Since this p-value is less than 0.05, we can reject the null hypothesis that the mean response time is the same for all three drugs.

Hướng dẫn này giải thích cách thực hiện bài kiểm tra Friedman trong Python.

Một nhà nghiên cứu muốn biết liệu thời gian phản ứng của bệnh nhân có bằng với ba loại thuốc khác nhau không. Để kiểm tra điều này, anh ta đo thời gian phản ứng (tính bằng giây) của 10 bệnh nhân khác nhau trên mỗi ba loại thuốc.3 minute read

Sử dụng các bước sau đây để thực hiện thử nghiệm Friedman trong Python để xác định xem thời gian phản ứng trung bình có khác nhau giữa các loại thuốc hay không.

Thử nghiệm Friedman ở Python

Ví dụ về dữ liệu kiểm tra Friedman

Tải dữ liệu

Tải dữ liệu

import pandas as pd
df=pd.read_csv("https://reneshbedre.github.io/assets/posts/anova/plant_disease_friedman.csv")
df.head(2)
`  plant_var  L1  L2  L3  L4
0        P1   4   2   5   4
1        P2   3   1   4   3

# convert to long format
df_long = pd.melt(df.reset_index(), id_vars=['plant_var'], value_vars=['L1', 'L2', 'L3', 'L4'])
df_long.columns = ['plant_var', 'locations', 'disease']
df_long.head(2)
  plant_var locations  disease
0        P1        L1        4
1        P2        L1        3

Tóm tắt Thống kê và Trực quan hóa Bộ dữ liệu

Thực hiện kiểm tra Friedman

from dfply import *
df_long >> group_by(X.locations) >> summarize(n=X['disease'].count(), mean=X['disease'].mean(), 
                                              median=X['disease'].median(), std=X['disease'].std())
# output
  locations  n  mean  median       std
0        L1  5   4.2     4.0  0.836660
1        L2  5   1.4     1.0  0.547723
2        L3  5   4.0     4.0  0.707107
3        L4  5   4.0     4.0  0.707107

Kích thước hiệu ứng kiểm tra Friedman

import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
sns.boxplot(data=df_long, x="locations", y="disease", hue=df_long.locations.tolist())
plt.show()

Bài kiểm tra sau hoc

Nâng cao kỹ năng của bạn với các khóa học về học máy và Python

Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra Friedman?

  • Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra nemenyi? : Dataframe (wide or long format)
  • Thử nghiệm Friedmans cho thấy gì? : Name of column in dataframe that contains dependent variable
  • Hướng dẫn này giải thích cách thực hiện bài kiểm tra Friedman trong Python. : Name of column in dataframe that contains within-subject factor (treatment)
  • Một nhà nghiên cứu muốn biết liệu thời gian phản ứng của bệnh nhân có bằng với ba loại thuốc khác nhau không. Để kiểm tra điều này, anh ta đo thời gian phản ứng (tính bằng giây) của 10 bệnh nhân khác nhau trên mỗi ba loại thuốc. : Name of column in dataframe that contains subjects (block)
import pingouin as pg

pg.friedman(data=df_long, dv="disease", within="locations", subject="plant_var")
# output
             Source         W  ddof1         Q     p-unc
Friedman  locations  0.656522      3  9.847826  0.019905

Sử dụng các bước sau đây để thực hiện thử nghiệm Friedman trong Python để xác định xem thời gian phản ứng trung bình có khác nhau giữa các loại thuốc hay không.

Kích thước hiệu ứng kiểm tra Friedman

Bài kiểm tra sau hoc

Bài kiểm tra sau hoc

Nâng cao kỹ năng của bạn với các khóa học về học máy và Python
omnibus test statistic and does not tell which locations have a significant effect on disease severity.

Để biết vị trí nào khác nhau đáng kể, tôi sẽ thực hiện các so sánh theo cặp bằng cách sử dụng bài kiểm tra Post Hoc. Ngoài thử nghiệm Conover, xét nghiệm Wilcoxon-Nemenyi-McDonald-Thompson (thử nghiệm Nemenyi) cũng có thể được sử dụng làm thử nghiệm sau đại học để kiểm tra Friedman quan trọng.

Phương pháp FDR sẽ được sử dụng để điều chỉnh các giá trị P để kiểm tra nhiều giả thuyết ở mức cắt giảm 5%

Tôi sẽ sử dụng chức năng

from scipy import stats

#perform Friedman Test
stats.friedmanchisquare(group1, group2, group3)

(statistic=13.3514, pvalue=0.00126)
2 từ gói
from scipy import stats

#perform Friedman Test
stats.friedmanchisquare(group1, group2, group3)

(statistic=13.3514, pvalue=0.00126)
3 để thực hiện thử nghiệm sau hoc trong Python

Chuyển các tham số sau cho hàm

from scipy import stats

#perform Friedman Test
stats.friedmanchisquare(group1, group2, group3)

(statistic=13.3514, pvalue=0.00126)
2,

  • A: Pandas DataFrame : pandas DataFrame
  • Y_col: Tên cột trong DataFrame có chứa biến phụ thuộc : Name of column in dataframe that contains dependent variable
  • Melted: DataFrame ở định dạng dài (Bool) : Dataframe in long format (bool)
  • Group_col: Tên của cột trong DataFrame chứa yếu tố bên trong chủ đề (điều trị) : Name of column in dataframe that contains within-subject factor (treatment)
  • Block_col: Tên cột trong DataFrame có chứa các đối tượng (khối) : Name of column in dataframe that contains subjects (block)
  • P_ADJUST: Điều chỉnh giá trị P cho nhiều so sánh (xem chi tiết ở đây) : Adjust p value for multiple comparisons (see details here)
import scikit_posthocs as sp

sp.posthoc_conover_friedman(a=df_long, y_col="disease", group_col="locations", block_col="plant_var", 
                                 p_adjust="fdr_bh", melted=True)
# output
          L1        L2        L3        L4
L1  1.000000  0.070557  0.902719  0.902719
L2  0.070557  1.000000  0.070557  0.070557
L3  0.902719  0.070557  1.000000  0.902719
L4  0.902719  0.070557  0.902719  1.000000

Các so sánh nhiều cặp cho thấy rằng không có sự khác biệt có ý nghĩa thống kê giữa các vị trí khác nhau về mức độ nghiêm trọng của bệnh đối với các giống thực vật khác nhau, mặc dù có mức độ nghiêm trọng của bệnh thấp đối với vị trí L2.

Nâng cao kỹ năng của bạn với các khóa học về học máy và Python

  • Học máy với Python
  • Học máy để phân tích dữ liệu
  • Phân tích cụm trong khai thác dữ liệu
  • Python cho mọi người chuyên môn hóa
  • Manova sử dụng R (với các ví dụ và mã)
  • Giá trị P là gì và cách tính giá trị P bằng tay
  • Các biện pháp lặp đi lặp lại ANOVA bằng Python và R (với các ví dụ)
  • ANOVA sử dụng Python (với ví dụ)
  • Nhiều vấn đề kiểm tra giả thuyết trong tin sinh học

Nếu bạn có bất kỳ câu hỏi, nhận xét hoặc đề xuất nào, vui lòng gửi email cho tôi tại

Nếu bạn nâng cao kiến ​​thức và kỹ năng thực tế từ bài viết này, hãy xem xét hỗ trợ tôi

Công việc này được cấp phép theo giấy phép Creative Commons Attribution 4.0 quốc tế

Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra Friedman?

Thủ tục tiến hành kiểm tra Friedman..

Xếp hạng mỗi hàng (khối) với nhau và độc lập với các hàng khác. ....

Tổng các cấp bậc cho mỗi cột (phương pháp điều trị) và sau đó tổng số các cột bình phương ..

Tính toán thống kê kiểm tra ..

Xác định giá trị quan trọng từ bảng phân phối chi-vuông với mức độ tự do K-1 ..

Làm thế nào để bạn thực hiện một bài kiểm tra nemenyi?

Thử nghiệm Nemenyi: Thử nghiệm Friedman được sử dụng để tìm thấy liệu có tồn tại sự khác biệt đáng kể giữa các phương tiện của nhiều hơn hai nhóm hay không. Trong các nhóm như vậy, các đối tượng tương tự xuất hiện trong mỗi nhóm. ....

Bước 1: Tạo dữ liệu ..

Bước 2: Tiến hành bài kiểm tra Friedman ..

Output:.

Bước 3: Thực hiện bài kiểm tra Nemenyi ..

Output:.

Thử nghiệm Friedmans cho thấy gì?

Thử nghiệm Friedman so sánh các cấp trung bình giữa các nhóm liên quan và cho biết các nhóm khác nhau như thế nào và được đưa vào vì lý do này. Tuy nhiên, bạn không thực sự báo cáo các giá trị này trong phần kết quả của mình, nhưng rất có thể sẽ báo cáo giá trị trung bình cho từng nhóm liên quan.compares the mean ranks between the related groups and indicates how the groups differed, and it is included for this reason. However, you are not very likely to actually report these values in your results section, but most likely will report the median value for each related group.

Sự khác biệt giữa Kruskal Wallis và Friedman Thử nghiệm là gì?

Thử nghiệm của Kruskal-Wallis là một cách không tham số ANOVA. Trong khi thử nghiệm của Friedman có thể được coi là một phép đo lặp lại (không tham số) một chiều ANOVA. While Friedman's test can be thought of as a (non parametric) repeated measure one way anova.