 Is inhalation always an active process?Original Editors - Rachael LoweTop Contributors - Khloud Shreif, Andeela Hafeez, Candace Goh, Vidya Acharya, Rachael Lowe, Admin, George Prudden, Lucinda hampton, Evan Thomas, Tomer Yona, Kim ... Hướng dẫn mafft pythonIm writing a program which has to compute a multiple sequence alignment of a set of strings. I was thinking of doing this in Python, but I could use an external piece of software or another language ... Hướng dẫn text-align htmlTrang chủTham khảoCSSThuộc tính text-alignĐịnh nghĩa và sử dụngThuộc tính text-align sắp xếp các nội dung theo chiều ngang.Cấu trúc tag { text-align: giá ... Hướng dẫn text-align cssTrang chủTham khảoCSSThuộc tính text-alignĐịnh nghĩa và sử dụngThuộc tính text-align sắp xếp các nội dung theo chiều ngang.Cấu trúc tag { text-align: giá ... Hướng dẫn text-align cssHướng dẫn biopython tutorial GIỚI THIỆU BIOPYTHON – NGÔN NGỮ CỦA TIN SINH HỌC(Nguồn: http://bioinformatics.vn)1 Biopython là gì?Dự án Biopython là 1 tổ chức quốc tế của những lập trình viên ...Hướng dẫn biopython tutorial tài sản ________ 90¶ Cơ sở: Bình chỉ lệnh cho msaprobs. http://www.drive5.com/muscle/ Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với phiên bản: 0.9.7 Người giới thiệu Yongchao Liu, Bertil Schmidt, Douglas L. Maskell: Hồi MSAPROBS: Căn chỉnh nhiều chuỗi dựa trên các mô hình Markov ẩn ẩn và xác suất sau chức năng phân vùng. Tin sinh học, 2010, 26 (16): 1958 -1964 Ví dụ Ví dụ Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. ________ 17 (tự, cmd = 'msaprobs', ** kwargs) ¶ Khởi tạo lớp.(self, cmd='muscle', **kwargs)¶Khởi tạo lớp. tài sản ________ 382¶Chuỗi in theo thứ tự căn chỉnh thay vì thứ tự đầu vào (mặc định: TẮT) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung -a chuyển đổi, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 350¶Viết chú thích cho nhiều liên kết với tên tệp Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Annot và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 351¶Sử dụng định dạng đầu ra clustalw thay vì định dạng fasta Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Clustalw, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 21¶Tham số trung tâm - nên âm Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Center và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 22¶Thực hiện phân cụm nhanh các chuỗi đầu vào, sử dụng -tree1 để lưu cây Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Cluster, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 23¶Phương pháp phân cụm được sử dụng trong Lặp lại 1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Cluster1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 24¶Phương pháp phân cụm được sử dụng trong Lặp lại 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Cluster2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 25¶Viết đầu ra ở định dạng Clustalw (với tiêu đề cơ bắp) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -CLW, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 26¶Viết đầu ra Clustalw (có tiêu đề cơ) vào tên tệp được chỉ định Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -clwout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 27¶Viết đầu ra ở định dạng Clustalw với tiêu đề phiên bản1.81 Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Clwstrict, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 28¶Viết đầu ra clustalw (với tiêu đề phiên bản 1.81) vào tên tệp được chỉ định Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -clwstrictout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 29¶Không nắm bắt ngoại lệ Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Core, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 30¶Khoảng cách tối đa giữa hai đường chéo cho phép chúng hợp nhất thành một đường chéo Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -diagbreak và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 31¶Độ dài tối thiểu của đường chéo Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -diaglength và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 32¶Loại bỏ nhiều vị trí này ở đầu chéo Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -diagmargin và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 33¶Tìm các đường chéo (nhanh hơn cho các chuỗi tương tự) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -diags, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 34¶Sử dụng xấp xỉ dimer nhanh hơn (hơi kém chính xác) cho điểm SP Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -dimer, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 35¶Đo khoảng cách cho Lặp lại 1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Distance1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 36¶Đo khoảng cách cho Lặp lại 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Distance2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 37¶Viết đầu ra ở định dạng Fasta Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -fasta, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 38¶Viết đầu ra định dạng Fasta vào tên tệp được chỉ định Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -fastaout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 39¶Khoảng cách mở rộng hình phạt Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapextend và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 40¶Khoảng cách mở điểm - Số âm Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapopen và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 41¶Nhóm các trình tự tương tự trong đầu ra Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -group, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 42¶Viết đầu ra ở định dạng HTML Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -html, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 43¶Viết đầu ra HTML vào tên tệp được chỉ định Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -htmlout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 44¶Kích thước cửa sổ cho vùng kỵ nước Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -hydro và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 45¶Hệ số nhân cho các hình phạt khoảng cách trong các vùng kỵ nước Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -hydrofactor và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 46¶Tên tệp đầu vào đầu tiên cho căn chỉnh hồ sơ Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -In1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 47¶Tên tệp đầu vào thứ hai cho căn chỉnh hồ sơ Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -in2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 48¶Tên tệp đầu vào Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -in và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 49¶Sử dụng điểm số hồ sơ EXPECTATION (VTML240) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -LE, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 50¶Tên tệp nhật ký Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -log và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 51¶Tên tệp nhật ký (nối vào tệp hiện có) Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -loga và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 52¶Đường dẫn đến ma trận thay thế protein định dạng NCBI hoặc Wu -Blast -cũng được đặt -Gapopen, -gapextend và -Center Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -matrix và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 53¶Không dùng nữa trong v3.8, sử dụng -diagbreak thay thế. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -maxdiagbreak và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 54¶Thời gian tối đa để chạy trong giờ Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -maxhours và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 55¶Số lần lặp tối đa Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -maxiters và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 56¶Số lượng cây tối đa để xây dựng trong Lặp lại 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -maxtrees và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 57¶Điểm tối thiểu Một cột phải là một mỏ neo Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -minbestcolscore và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 58¶Điểm được làm mịn tối thiểu Một cột phải là một mỏ neo Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -minsmoothscore và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 59¶Viết đầu ra ở định dạng MSF Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -MSF, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 60¶Viết đầu ra định dạng MSF vào tên tệp được chỉ định Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -msfout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 61¶Không sử dụng tối ưu hóa neo trong các lần lặp lại phụ thuộc vào cây Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Noanchors, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 62¶Bắt các trường hợp ngoại lệ Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Nocore, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 63¶Điểm khách quan được sử dụng bởi sự tinh chỉnh phụ thuộc cây Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -ObJScore và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 64¶Tên tệp xuất ra Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -out và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 65¶Viết đầu ra ở định dạng xen kẽ Phylip Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -phyi, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 66¶Viết đầu ra xen kẽ Phylip vào tên tệp được chỉ định Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -phyiout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 67¶Viết đầu ra ở định dạng tuần tự phylip Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -phys, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 68¶Viết định dạng tuần tự Phylip vào tên tệp được chỉ định Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -physout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 69¶Thực hiện liên kết hồ sơ Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -profile, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 70¶Không hiển thị thông báo tiến trình Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -quiet, coi tài sản này là boolean. Tài sản ________ 71¶Chỉ làm việc tinh chỉnh phụ thuộc cây Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -refine, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 72¶Chỉ thực hiện sàng lọc phụ thuộc cây bằng cách sử dụng phương pháp tiếp cận cửa sổ trượt Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -refinew, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 73¶Chiều dài của cửa sổ cho -refinew Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -refinewindow và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 74¶Phương pháp được sử dụng để root cây trong Lặp lại 1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -root1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 75¶Phương pháp được sử dụng để root cây trong Lặp lại 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -root2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 76¶Tên tệp điểm, chứa một dòng cho mỗi cột trong căn chỉnh với điểm blosum62 trung bình Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -ScoreFile và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 77¶Loại trình tự Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -SeqType và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 78¶Giá trị tối đa của điểm cột để làm mịn Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -SmoothScoreceil và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 79¶Cửa sổ được sử dụng để làm mịn cột neo Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -SmoothWindow và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 80¶Sử dụng điểm hồ sơ protein tổng hợp (PAM200) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -SP, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 81¶Sử dụng điểm số hồ sơ nucleotide protein tổng hợp Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -SPN, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 82¶Tính điểm mục tiêu SP của nhiều căn chỉnh Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -spscore và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 83¶Không nhóm các chuỗi tương tự trong đầu ra (không được hỗ trợ trong v3.8) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -stable, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 84¶Liên tục được sử dụng trong phân cụm UPGMB Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -SUEFF và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 85¶Sử dụng điểm hồ sơ tổng hợp (VTML240) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -SV, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 86¶Lưu cây newick khỏi lặp 1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -tree1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 87¶Lưu cây Newick khỏi Lặp lại 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -tree2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 88¶Sử dụng cây Newick đã cho cây hướng dẫn Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -usetree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 89¶Viết cài đặt tham số và tiến trình Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -verbose, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 90¶Viết chuỗi phiên bản vào stdout và thoát Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -version, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 91¶Sơ đồ trọng số được sử dụng trong lặp 1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -wight1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 92¶Sơ đồ trọng số được sử dụng trong Lặp lại 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -wight2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Lớp ________ 14 ________ 94 (cmd = 'clustalw', ** kwargs) ¶(cmd='clustalw', **kwargs)¶Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 Wrapper dòng lệnh cho clustalw (phiên bản một hoặc hai). http://www.clustal.org/ Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với các phiên bản: 1.83 và 2.1 Người giới thiệu Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG. (2007). Clustal W và Clustal X phiên bản 2.0. Tin sinh học, 23, 2947-2948. Ví dụ >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với clustalw_cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. ________ 17 (tự, cmd = 'clustalw', ** kwargs) ¶(self, cmd='clustalw', **kwargs)¶Khởi tạo lớp. tài sản ________ 97¶Làm đầy đủ nhiều liên kết. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -align, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 98¶Nút hoặc vị trí nhánh của các giá trị bootstrap trong màn hình Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -bootlabels và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 99¶Bootstrap một cây nj (n = số lượng bootstraps; def. = 1000). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -BootStrap và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 100¶Thấp hơn hoặc trên (chỉ cho đầu ra GDE) Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Case và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 101¶Phác thảo các thông số dòng lệnh. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Check, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 102¶NJ hoặc UPGMA Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Clustering và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 103¶Đầu ra các chuỗi đầu vào trong một định dạng tệp khác. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -convert, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 104¶Ma trận trọng lượng DNA = iub, clustalw hoặc fileName Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Dnamatrix và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 105¶Không có bút phân tách khoảng cách cuối. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -endgaps, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 106¶Đầu ra Nội dung trợ giúp đầy đủ. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -fullhelp, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 107¶Bút phân tách khoảng cách. phạm vi Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -GAPDist và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 108¶Khoảng cách mở rộng hình phạt Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapext và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 40¶Khoảng cách mở hình phạt Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapopen và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 110¶Số lượng dư lượng bên trong chuỗi xoắn được coi là thiết bị đầu cuối Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -helixendin và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 111¶Số lượng dư lượng bên ngoài xoắn ốc được coi là thiết bị đầu cuối Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Helixendout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 112¶Khoảng cách hình phạt cho dư lượng lõi xoắn ốc Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -helixgap và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 113¶Phác thảo các thông số dòng lệnh. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Check, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 102¶NJ hoặc UPGMA Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Clustering và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 103¶Đầu ra các chuỗi đầu vào trong một định dạng tệp khác. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -convert, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 104¶Ma trận trọng lượng DNA = iub, clustalw hoặc fileName Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Dnamatrix và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 105¶Không có bút phân tách khoảng cách cuối. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -endgaps, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 106¶Đầu ra Nội dung trợ giúp đầy đủ. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -fullhelp, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 107¶Bút phân tách khoảng cách. phạm vi Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -GAPDist và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 108¶Khoảng cách mở rộng hình phạt Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapext và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 40¶Khoảng cách mở hình phạt Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapopen và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 110¶Số lượng dư lượng bên trong chuỗi xoắn được coi là thiết bị đầu cuối Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -helixendin và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 111¶Số lượng dư lượng bên ngoài xoắn ốc được coi là thiết bị đầu cuối Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Helixendout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 124¶Tên tệp đầu ra cho cây hướng dẫn mới được tạo Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Newtree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 125¶Tên tệp đầu ra cho cây hướng dẫn mới của hồ sơ1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -newtree1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 126¶Tệp đầu ra cho cây hướng dẫn mới của hồ sơ2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -newtree2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 127¶Khoảng cách ưa nước Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -NoHGAP, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 128¶Khoảng trống đặc trưng của dư lượng Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -nopgap, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 129¶Không sử dụng mặt nạ hình phạt cấu trúc thứ cấp cho hồ sơ 1 Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -NoSecstr1, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 130¶Không sử dụng mặt nạ hình phạt cấu trúc thứ cấp cho hồ sơ 2 Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -NoSecstr2, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 131¶Tắt trọng số trình tự Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Noweights, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 132¶Số lần lặp tối đa để thực hiện Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -numiter và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 133¶Liệt kê các tham số dòng lệnh Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Options, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 134¶Tên tệp căn chỉnh trình tự đầu ra Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -OutFile và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 135¶Đầu ra Đơn hàng phân loại: Đầu vào hoặc căn chỉnh Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -OutOrder và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 136¶Định dạng đầu ra: Clustal (mặc định), GCG, GDE, Phylip, Pir, Nexus và Fasta Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Output và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 137¶nj hoặc phylip hoặc dist hoặc nexus Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -OutputTree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 138¶Khoảng cách hình phạt Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -pairgap và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 139¶Ma trận nhận dạng phần trăm đầu ra (trong khi tính toán cây). Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -PIM, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 69¶Hợp nhất hai căn chỉnh theo căn chỉnh hồ sơ Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -profile, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 141¶Hồ sơ (căn chỉnh cũ). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -profile1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 142¶Hồ sơ (căn chỉnh cũ). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -profile1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 142¶Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -profile2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 143¶ Ma trận trọng lượng DNA = iub, clustalw hoặc fileNameĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -pwdnamatrix và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 144¶ Khoảng cách mở rộng hình phạtĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -pwgapext và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 145¶ Khoảng cách mở hình phạtĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -pwgapopen và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 146¶ Ma trận trọng lượng protein = blosum, pam, gonnet, id hoặc tên tệpĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -pwmatrix và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 147¶ Sử dụng thuật toán nhanh cho cây hướng dẫn căn chỉnhThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -quicktree, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 70¶ Giảm đầu ra bảng điều khiển xuống mức tối thiểuTài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -quiet, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 149¶ tài sản ________ 150¶Hoặc: phần trăm hoặc tuyệt đối Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Score và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 151¶Cấu trúc hoặc mặt nạ hoặc cả hoặc không có đầu ra trong tệp căn chỉnh Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -SecStrout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 152¶Số hạt cho bootstraps. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham sốSED và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 153¶TẮT hoặc BẬT (mới cho tất cả các định dạng đầu ra) Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Seqno_range và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 154¶TẮT hoặc BẬT (chỉ dành cho đầu ra Clustal) Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Seqnos và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 155¶Thêm trình tự Confile2 vào Sắp xếp hồ sơ1 Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -chuỗi, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 156¶Đăng nhập một số thống kê căn chỉnh vào tệp Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -stats và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 157¶Số lượng dư lượng bên trong chuỗi được coi là thiết bị đầu cuối Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -strandendin và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 158¶Số lượng dư lượng bên ngoài chuỗi được coi là thiết bị đầu cuối Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -strandendout và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 159¶khoảng cách hình phạt cho dư lượng lõi sợi Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -strandgap và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 160¶Khoảng cách hình phạt cho cấu trúc termini Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -terminalgap và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 161¶Số lượng diags tốt nhất. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -topdiags và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 162¶Bỏ qua các vị trí với các khoảng trống. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -tossgaps, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 163¶Chuyển đổi trọng số Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -trans weight và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 164¶Tính toán cây NJ. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -tree, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 165¶Trình tự protein hoặc DNA Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -type và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 88¶Tên tệp của cây hướng dẫn Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -usetree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 167¶Tên tệp của cây hướng dẫn cho hồ sơ1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -usetree1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 168¶Tên tệp của cây hướng dẫn cho hồ sơ2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -usetree2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 169¶Cửa sổ xung quanh diags tốt nhất. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Window và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Lớp ________ 14 ________ 171 (cmd = 'clustalo', ** kwargs) ¶(cmd='clustalo', **kwargs)¶Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 Vòng bao bọc lệnh cho Clustal Omega. http://www.clustal.org/omega Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với phiên bản: 1.2.0 Người giới thiệu Sievers F, Wilm A, Dineen DG, Gibson TJ, Karplus K, Li W, Lopez R, McWilliam H, Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). Tạo ra sự sắp xếp nhanh chóng, có thể mở rộng của nhiều chuỗi protein chất lượng cao bằng cách sử dụng omega clustal. Hệ thống phân tử Sinh học 7: 539 https://doi.org/10.1038/msb.2011.75 Ví dụ >>> from Bio.Align.Applications import ClustalOmegaCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> out_file = "aligned.fasta" >>> clustalomega_cline = ClustalOmegaCommandline(infile=in_file, outfile=out_file, verbose=True, auto=True) >>> print(clustalomega_cline) clustalo -i unaligned.fasta -o aligned.fasta --auto -v Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với clustalomega_cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. ________ 17 (tự, cmd = 'clustalo', ** kwargs) ¶(self, cmd='clustalo', **kwargs)¶Khởi tạo lớp. Tài sản ________ 174¶Đặt tùy chọn tự động (có thể ghi đè lên một số tùy chọn của bạn) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của người khác, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 175¶Tập tin đầu ra phân cụm Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số umlustering và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 176¶Mức tối đa mềm của trình tự trong các cụm phụ Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số kích thước củaCluster và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 177¶Trình tự đầu vào giao dịch Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của DEALEALIGN, coi tài sản này là boolean. Tài sản ________ 178¶Sử dụng ma trận khoảng cách đầy đủ để tính toán cây hướng dẫn (chậm; mbed là mặc định) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc hoàn toàn, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 179¶Sử dụng ma trận khoảng cách đầy đủ để tính toán cây hướng dẫn trong quá trình lặp (MBED là mặc định) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc của itfull-iter, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 180¶Tệp đầu vào ma trận khoảng cách theo cặp (bỏ qua tính toán khoảng cách). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số-in-in và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 181¶Tệp đầu ra ma trận khoảng cách theo cặp. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số Out-Out-Out và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 182¶Lực lượng ghi đè tệp. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của Lực lượng, coi tài sản này là boolean. Tài sản ________ 183¶Hướng dẫn Tệp đầu vào cây (Bỏ qua tính toán khoảng cách và bước hướng dẫn của cây). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của GoogleGuidetree-in và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 184¶Hướng dẫn tập tin đầu ra cây. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số ratu guidetree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 113¶In giúp trợ giúp và thoát. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -H, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 186¶Hmm các tập tin đầu vào Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số củaHHMHM và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 115¶Tệp đầu vào nhiều chuỗi Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -I và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 188¶Định dạng tệp đầu vào bắt buộc (mặc định: tự động)
Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của INFIINFMT và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 189¶Tắt kiểm tra nếu cấu hình, cấu hình lực (mặc định không) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc cấu hình của Wapis, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 190¶Số lần lặp lại (kết hợp cây hướng dẫn/hmm) Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của các tiêu chuẩn và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 50¶Đăng nhập tất cả đầu ra không cần thiết vào tệp này. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -L và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 192¶In thông tin và lối ra phiên bản dài Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc phiên bản củaLongLong, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 193¶Số lần lặp hướng dẫn tối đa Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số hướng dẫn-guidetree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 194¶Số lần lặp Hmm tối đa Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số-aterations-hmm-hmm và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 195¶Số trình tự được phép tối đa Điều này kiểm soát việc bổ sung tham sốTHERMaxNumSeq và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 122¶Chiều dài trình tự cho phép tối đa Điều này kiểm soát việc bổ sung tham sốTHERMaxSeqlen và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 134¶Nhiều tệp đầu ra căn chỉnh chuỗi (mặc định: stdout). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -O và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 198¶Định dạng tệp đầu ra MSA: A2M = FA [STA], CLU [STAL], MSF, Phy [Lip], Selex, St [Ockholm], Vie [NNA] (mặc định: Fasta). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham sốTHEROutFMT và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 199¶Thứ tự đầu ra MSA như trong đầu vào/hướng dẫn Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số thứ tự hàng đầu và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 200¶chuyển đổi khoảng cách thành phần trăm danh tính (mặc định số) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc ID ID, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 141¶Tệp nhiều chuỗi được liên kết trước (các cột được căn chỉnh sẽ được sửa chữa). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của PROPPROFILE1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 142¶Tệp nhiều chuỗi được liên kết trước (các cột được căn chỉnh sẽ được sửa chữa). Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của PROPPROFILE1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 142¶Điều này kiểm soát việc bổ sung tham sốPhProfile2 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 203¶ ở định dạng Clustal Số dư lượng in (mặc định không)Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc củaResResiduenumber, coi tài sản này là boolean. Tài sản ________ 77¶ {Protein, RNA, DNA} buộc một loại trình tự (mặc định: tự động).Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -T và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 205¶ Số lượng bộ xử lý để sử dụngĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham sốTHREADS và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 206¶ Sử dụng hiệu chỉnh khoảng cách Kimura cho các chuỗi được căn chỉnh (mặc định không)Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc sử dụng Kimus-Kimura, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 89¶ Báo cáo dài dòngThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -V, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 90¶ In phiên bản thông tin và lối raThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc chuyển đổi, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 209¶ Số lượng dư lượng trước khi kết nối dòng trong đầu ra(cmd='prank', **kwargs)¶Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của nhóm và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Lớp ________ 14 ________ 211 (cmd = 'prank', ** kwargs) ¶ http://www.ebi.ac.uk/goldman-srv/prank/prank/ Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 Bình chỉ lệnh cho chương trình căn chỉnh nhiều trò chơi khăm. Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với phiên bản: 081202 Người giới thiệu Loytynoja, A. và Goldman, N. 2005. Một thuật toán để liên kết nhiều trình tự tiến bộ với các phần chèn. Thủ tục tố tụng của Viện Hàn lâm Khoa học Quốc gia, 102: 10557 Từ10562. Loytynoja, A. và Goldman, N. 2008. Vị trí khoảng cách nhận biết phylogeny ngăn ngừa các lỗi trong liên kết trình tự và phân tích tiến hóa. Khoa học, 320: 1632. >>> from Bio.Align.Applications import PrankCommandline >>> prank_cline = PrankCommandline(d="unaligned.fasta", ... o="aligned", # prefix only! ... f=8, # FASTA output ... notree=True, noxml=True) >>> print(prank_cline) prank -d=unaligned.fasta -o=aligned -f=8 -noxml -notree Ví dụ Để căn chỉnh một tệp fasta (unaligned.fasta) với đầu ra ở định dạng fasta được căn chỉnh với tên tệp đầu ra bắt đầu bằng cách căn chỉnh (bạn có thể chọn tên tệp một cách rõ ràng), không có đầu ra cây và không có đầu ra XML, sử dụng:(self, cmd='prank', **kwargs)¶Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với prank_cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. ________ 17 (tự, cmd = 'prank', ** kwargs) ¶Khởi tạo lớp. tài sản ________ 214¶ Lực lượng chèn luôn luôn bị bỏ qua: giống như +FThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -F, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 215¶ Codon nhận biết căn chỉnh hay khôngThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -codon, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 103¶ Chuyển đổi căn chỉnh đầu vào sang định dạng mới. Không thực hiện căn chỉnhThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -convert, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 217¶ Tên tệp đầu vàoĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -D và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 218¶ Tần số DNA - ‘A, C, G, T ,. Ví dụ :25, 25,25,25, như một báo giá được bao quanh giá trị chuỗi. Mặc định: Thực nghiệmĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -DNAFREQS và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 219¶ Hiển thị khoảng trống chèn dưới dạng chấmThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -dots, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 220¶ Định dạng căn chỉnh đầu ra. Mặc định: 8 Tùy chọn Fasta là: 1. IG/Stanford 8. Pearson/Fasta 2. GenBank/GB 11. Phylip3.2 3. NBRF 12. Phylip 4. EMBL 14. PIR/CODATA 6. 17. Paup/NexusĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -F và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 221¶ tài sản ________ 108¶Xác suất mở rộng khoảng cách. Mặc định: DNA 0,5 / prot 0,5 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapext và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 223¶Tỷ lệ mở khoảng cách. Mặc định: DNA 0,025 prot 0,0025 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gaprate và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 224¶Tỷ lệ chuyển đổi/chuyển đổi. Mặc định: 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -kappa và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 225¶Tiết kiệm không gian phù hợp theo cặp Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Longseq, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 226¶Tên tệp căn chỉnh do người dùng xác định. Mặc định: HKY2/WAG Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -M và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 227¶Số nhân kích thước ban đầu ma trận Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -matinitsize và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 228¶Ma trận thay đổi kích thước hệ số nhân Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Matresize và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 229¶Sử dụng độ dài nhánh tối đa của giá trị đầu vào Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -maxbranches và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 230¶Dịch sang protein bằng cách sử dụng bảng MT Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -mttranslate, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 231¶Không tính toán hỗ trợ sau. Mặc định: Tính toán Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Nopost, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 232¶Không xuất các tệp cây DND (phiên bản chơi khăm sớm hơn v.120626) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -notree, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 233¶Không xuất các tệp XML (phiên bản chơi khăm sớm hơn v.120626) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -NOXML, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 234¶output FileName Tiền tố. Mặc định: đầu raSẽ viết: đầu ra.?.fas (tùy thuộc vào định dạng được yêu cầu), đầu ra.?.xml và đầu ra.?.dnd Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -O và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 235¶Chỉ chạy một lần. Mặc định: Hai lần nếu không có Guidetree đưa ra Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -once, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 236¶Đầu ra mỗi nút; Chủ yếu là để gỡ lỗi Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -printNodes, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 237¶Khoảng cách theo cặp dự kiến cho Guidetree tính toán. Mặc định: DNA 0,25 / prot 0,5 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -pwdist và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 238¶Làm liên kết theo cặp, không có hướng dẫn Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -pwgenomic, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 239¶Khoảng cách cho sự liên kết theo cặp. Mặc định: 0,3 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -pwgenomicdist và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 70¶Giảm độ mịn Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -quiet, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 241¶Tắt cắt chiều dài nhánh Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -RealBranches, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 242¶Tỷ lệ purine/pyrimidine. Mặc định: 1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -RHO và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 243¶Độ dài chi nhánh tỷ lệ. Mặc định: DNA 1 / Prot 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Scalebranches và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 244¶Cắt tên tại không gian đầu tiên Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -ShortNames, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 245¶Các tệp cây DND đầu ra (Prank V.120626 trở lên) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -ShowTree, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 246¶Các tệp XML đầu ra (Prank v.120626 trở lên) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -showxml, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 247¶Bỏ qua các chèn vào hỗ trợ sau Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -skipins, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 248¶Tên lọc của cây hướng dẫn đầu vào Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -T và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 249¶Xử phạt các khoảng trống thiết bị đầu cuối bình thường Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -termgap, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 250¶Dịch sang protein Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -translate, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 164¶Cây hướng dẫn đầu vào dưới dạng chuỗi newick Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -tree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 252¶Luôn chạy hai lần Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -twice, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 253¶Chậm hơn nhưng nên làm việc cho số lượng trình tự lớn hơn Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -uselogs, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 254¶Trình tự tổ tiên đầu ra Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -WriteAnc, coi thuộc tính này là boolean. Lớp ________ 14 ________ 256 (cmd = 'mafft', ** kwargs) ¶(cmd='mafft', **kwargs)¶Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 Bình chỉ lệnh cho chương trình liên kết nhiều MAFFT. http://align.bmr.kyushu-u.ac.jp/mafft/software/ Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với phiên bản: MAFFT v6.717B (2009/12/03) Người giới thiệu KATOH, TOH (BMC Bioinformatics 9: 212, 2008) Cải thiện độ chính xác của liên kết nhiều ncRNA bằng cách kết hợp thông tin cấu trúc vào khung dựa trên MAFFT (mô tả các phương pháp căn chỉnh cấu trúc RNA) KATOH, TOH (Tóm tắt về Tin sinh học 9: 286-298, 2008) Những phát triển gần đây trong chương trình căn chỉnh chuỗi nhiều chuỗi MAFFT (phác thảo phiên bản 6) KATOH, TOH (Tin sinh học 23: 372-374, 2007) Katoh, Kuma, Toh, Miyata (Nucleic Acids Res. và các chiến lược E-INS-I) Katoh, Misawa, Kuma, Miyata (Nucleic Acids Res. 30: 3059-3066, 2002) Ví dụ >>> from Bio.Align.Applications import MafftCommandline >>> mafft_exe = "/opt/local/mafft" >>> in_file = "../Doc/examples/opuntia.fasta" >>> mafft_cline = MafftCommandline(mafft_exe, input=in_file) >>> print(mafft_cline) /opt/local/mafft ../Doc/examples/opuntia.fasta Nếu nhị phân MAFFT nằm trên đường dẫn (thường là trường hợp trên hệ điều hành kiểu UNIX) thì bạn không cần phải cung cấp vị trí thực thi: >>> from Bio.Align.Applications import MafftCommandline >>> in_file = "../Doc/examples/opuntia.fasta" >>> mafft_cline = MafftCommandline(input=in_file) >>> print(mafft_cline) mafft ../Doc/examples/opuntia.fasta Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với mafft_cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. Lưu ý rằng MAFFT sẽ viết căn chỉnh cho stdout, mà bạn có thể muốn lưu vào một tệp và sau đó phân tích, ví dụ: stdout, stderr = mafft_cline() with open("aligned.fasta", "w") as handle: handle.write(stdout) from Bio import AlignIO align = AlignIO.read("aligned.fasta", "fasta") Ngoài ra, để phân tích trực tiếp đầu ra với Alignio, bạn có thể sử dụng StringIO để biến chuỗi thành tay cầm: stdout, stderr = mafft_cline() from StringIO import StringIO from Bio import AlignIO align = AlignIO.read(StringIO(stdout), "fasta")________ 17 (tự, cmd = 'mafft', ** kwargs) ¶(self, cmd='mafft', **kwargs)¶ Khởi tạo lớp. tài sản ________ 259¶Khoảng cách mở rộng hình phạt để bỏ qua sự liên kết. Mặc định: 0,00 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của ELLELEXP và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 260¶Khoảng cách mở hình phạt để bỏ qua sự liên kết. Mặc định: -6.00 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của GoogleLOP và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 261¶Sử dụng ma trận ghi điểm AA do người dùng xác định. Mặc định: blosum62 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số củaaAaMatrix và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 262¶Điều chỉnh hướng theo chuỗi đầu tiên. Mặc định tắt. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của WapAdjustDirection, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 263¶Điều chỉnh hướng theo chuỗi đầu tiên, đối với dữ liệu phân kỳ cao; rất chậm. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung chuyển đổi một cách chính xác, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 264¶Giả sử các trình tự là axit amin (đúng/sai). Mặc định: Tự động Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của Wapamino, coi tài sản này là boolean. Tài sản ________ 174¶Tự động chọn Chiến lược. Mặc định tắt. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của người khác, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 266¶Ma trận số blosum được sử dụng. Mặc định: 62 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của nhóm và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 267¶Định dạng đầu ra: Clustal (true) hoặc fasta (false, mặc định) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc ứng dụng, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 268¶Thuật toán parttree được sử dụng với khoảng cách dựa trên DP. Mặc định: Tắt Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc củaDPDPartTree, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 269¶Giá trị bù, hoạt động như hình phạt mở rộng khoảng cách, để liên kết nhóm đến nhóm. Mặc định: 0.123 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 270¶Tất cả các liên kết theo cặp được tính toán với Fasta (Pearson và Lipman 1988). Mặc định: Tắt Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của FastFastapair, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 271¶Thuật toán parttree được sử dụng với khoảng cách dựa trên fasta. Mặc định: Tắt Tài sản này kiểm soát việc bổ sung chuyển đổi của FastFastApartTree, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 272¶Sử dụng xấp xỉ FFT trong liên kết nhóm đến nhóm. Mặc định: Bật Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc, hãy coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 273¶Kết hợp thông tin thành phần AA/NUC vào ma trận chấm điểm (đúng) hay không (sai, mặc định) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc trực tuyến, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 274¶Tất cả các sắp xếp theo cặp được tính toán với một thuật toán cục bộ với chi phí khoảng cách affine tổng quát (Altschul 1998). Mặc định: Tắt Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của GoogleGenAFPAIR, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 275¶Tất cả các liên kết theo cặp được tính toán với thuật toán Needman-Wunsch. Mặc định: Tắt Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc của GoogleGlobalPair, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 276¶Không làm cho căn chỉnh lớn hơn các chuỗi số. Mặc định: Số lượng trình tự đầu vào Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc nhóm nhóm, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 48¶Tên tệp đầu vào Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số đầu vào và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 278¶Tên tệp đầu vào thứ hai cho lệnh MAFFT-Profile Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số Input1 và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 279¶Thứ tự đầu ra: giống như đầu vào (true, mặc định) hoặc dựa trên căn chỉnh (sai) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc của InSInputOrder, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 280¶Số JTT PAM (Jones et al. 1992) ma trận được sử dụng. số> 0. Mặc định: blosum62 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số WapJTT và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 281¶Giá trị bù tại căn chỉnh cặp cục bộ. Mặc định: 0,1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số củaLEP và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 282¶Khoảng cách mở rộng hình phạt tại liên kết cặp cục bộ. Mặc định: -0.1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của ELLELEXP và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 283¶Tất cả các liên kết theo cặp được tính toán với thuật toán Smith-Waterman. Mặc định: Tắt Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của GoogleLocalPair, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 284¶Khoảng cách mở hình phạt tại liên kết cặp địa phương. Mặc định: 0.123 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của GoogleLOP và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 285¶Chu kỳ số của tinh chỉnh lặp được thực hiện. Mặc định: 0 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của MạnhAxiterate và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 286¶Sử dụng thuật toán Myers-Miller (1988). Mặc định: Tự động bật khi độ dài căn chỉnh vượt quá 10.000 (AA/NT). Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc củaMeMemsave, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 287¶Tên chiều dài trong đầu ra Clustal và Phylip.
Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số bước tiến và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 288¶Không sử dụng xấp xỉ FFT trong liên kết nhóm đến nhóm. Mặc định: Tắt Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc củaNofFFT, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 289¶Điểm căn chỉnh không được kiểm tra trong giai đoạn sàng lọc lặp. Mặc định: TẮT (Điểm được kiểm tra) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc của N dụng, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 290¶Giả sử các chuỗi là nucleotide (Đúng/Sai). Mặc định: Tự động Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 291¶Khoảng cách mở hình phạt tại liên kết nhóm đến nhóm. Mặc định: 1.53 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của nhóm và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 292¶Số lượng phân vùng trong thuật toán parttree. Mặc định: 50 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số củaPartPartSize và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 293¶Sử dụng phương pháp xây dựng cây nhanh với khoảng cách 6mer. Mặc định: Tắt Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc củaPartTree, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 294¶Định dạng đầu ra: Phylip (true) hoặc fasta (sai, mặc định) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc trực tuyến, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 70¶Không báo cáo tiến trình (đúng) hay không (sai, mặc định). Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của Googlequiet, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 296¶Thứ tự đầu ra: Căn chỉnh (Đúng) hoặc theo thứ tự đầu vào (Sai, Mặc định) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc dây chuyền, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 297¶Cây hướng dẫn được xây dựng số lần trong giai đoạn tiến bộ. Có giá trị với khoảng cách 6mer. Mặc định: 2 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số của retretree và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 152¶Sự sắp xếp hạt giống được đưa ra trong căn chỉnh_N (định dạng FASTA) được căn chỉnh với các chuỗi trong đầu vào. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 299¶Khoảng cách được tính toán dựa trên số lượng 6 người chia sẻ. Mặc định: Bật Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc của66merpair, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 300¶Số lượng chủ đề để sử dụng. Mặc định: 1 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham sốTHREAD và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 301¶Số pam xuyên màng (Jones et al. 1994) ma trận được sử dụng. số> 0. Mặc định: blosum62 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham sốTHTM và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 302¶Cây hướng dẫn là đầu ra vào tệp input.tree (true) hay không (sai, mặc định) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc trực tuyến, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 303¶Hệ số trọng số cho thuật ngữ tính nhất quán được tính từ sự sắp xếp theo cặp. Mặc định: 2.7 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số Wap Weighti và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Lớp ________ 14 ________ 305 (cmd = 'dialign2-2', ** kwargs) ¶(cmd='dialign2-2', **kwargs)¶Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 Bao bọc dòng lệnh cho chương trình căn chỉnh nhiều dialign2-2. http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/dialign/welcome.html Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với phiên bản: 2.2 Người giới thiệu B. Morgenstern (2004). Dialign: Căn chỉnh trình tự DNA và protein tại Bibiserv. Axit nucleic Nghiên cứu 32, W33-W36. Ví dụ Để căn chỉnh một tệp FASTA (unalign.fasta) với các tệp đầu ra được căn chỉnh.* Bao gồm một tệp đầu ra fasta (căn chỉnh.fa), sử dụng: >>> from Bio.Align.Applications import DialignCommandline >>> dialign_cline = DialignCommandline(input="unaligned.fasta", ... fn="aligned", fa=True) >>> print(dialign_cline) dialign2-2 -fa -fn aligned unaligned.fasta Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với dialign_cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. ________ 17 (tự, cmd = 'dialign2-2', ** kwargs) ¶(self, cmd='dialign2-2', **kwargs)¶Khởi tạo lớp. tài sản ________ 308¶Tạo tệp đầu ra bổ sung ‘*.AFC, chứa dữ liệu của tất cả các đoạn được xem xét để cảnh báo căn chỉnh: Tệp này có thể rất lớn! Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -AFC, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 309¶Giống như ‘-AFC, nhưng dài dòng: các đoạn được in rõ ràng. Cảnh báo: Tệp này có thể còn lớn hơn! Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -AFC_V, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 310¶Căn chỉnh neo. Yêu cầu một tập tin .anc chứa các điểm neo. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -ANC, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 311¶Nếu các phân đoạn được dịch, không chỉ là ‘Watson Strand, mà cả‘ Crick Strand, được xem xét. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -CS, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 312¶Tệp đầu ra bổ sung ở định dạng Clustal W. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -CW, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 313¶Tốc độ liên kết DNA tăng tốc độ tăng tốc - Các mảnh axit nucleic không dịch mã chỉ được tính đến nếu chúng bắt đầu với ít nhất hai trận đấu. Tốc độ liên kết DNA với chi phí nhạy cảm. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -DS, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 314¶Tệp đầu ra bổ sung ở định dạng Fasta. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -FA, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 315¶Tạo tệp *.frg chứa thông tin về tất cả các đoạn là một phần của các alignmnets cặp tối ưu tương ứng cộng với thông tin về tính nhất quán trong nhiều căn chỉnh Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -FF, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 316¶Các tệp đầu ra được đặt tên .. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -FN và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 317¶Tạo tệp *.fop chứa tọa độ của tất cả các đoạn là một phần của sự sắp xếp theo cặp tương ứng. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -FOP, coi thuộc tính này là boolean. Tài sản ________ 318¶Tạo tệp *.fsm chứa tọa độ của tất cả các đoạn là một phần của căn chỉnh cuối cùng Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -FSM, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 48¶Tên tệp đầu vào. Phải là định dạng fasta Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số đầu vào và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 320¶Trọng lượng chồng chéo đã tắt (theo mặc định, trọng số chồng chéo được sử dụng nếu tối đa 35 chuỗi được căn chỉnh). Tùy chọn này tăng tốc sự liên kết nhưng có thể dẫn đến giảm chất lượng căn chỉnh. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -IW, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 321¶Trình tự bộ gen dài Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -LGS, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 322¶Giống như ‘-lgs, nhưng với tất cả các cặp phân đoạn được đánh giá ở cấp độ peptide (chứ không phải là sự sắp xếp hỗn hợp, như với tùy chọn‘ -LGS,). Do đó nhanh hơn -LG nhưng không nhạy cảm lắm đối với các vùng không mã hóa. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -LGS_T, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 323¶Độ dài phân đoạn tối đa = x (mặc định: x = 40 hoặc x = 120 cho các đoạn được dịch). X ngắn hơn tăng tốc chương trình nhưng có thể ảnh hưởng đến chất lượng căn chỉnh. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Lmax và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 324¶. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -LO, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 325¶Sự sắp xếp hỗn hợp, bao gồm các fragment P và fragment N nếu trình tự axit nucleic được căn chỉnh. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -MA, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 326¶Dư lượng không thuộc về các đoạn được chọn được thay thế bằng ‘*ký tự trong căn chỉnh đầu ra (thay vì được in trong các ký tự trường hợp thấp) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -mask, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 327¶Tạo tệp *mat với số lượng thay thế có nguồn gốc từ các mảnh đã được chọn để liên kết. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -mat, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 328¶Giống như ‘-mat, nhưng chỉ có những mảnh có trọng lượng> t được xem xét Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -MAT_THR, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 329¶Phân cụm liên kết tối đa được sử dụng để xây dựng cây chuỗi (thay vì UPGMA). Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -max_link, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 330¶Liên kết tối thiểu phân cụm được sử dụng. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -min_link, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 331¶Tùy chọn Motif. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -mot và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 59¶Tệp đầu ra riêng biệt ở định dạng MSF. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -MSF, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 333¶Trình tự đầu vào là trình tự axit nucleic. Không có bản dịch của các mảnh vỡ. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -N, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 334¶Trình tự đầu vào là trình tự axit nucleic và các phân đoạn axit nucleic, được dịch thành các phân đoạn peptide. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -NT, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 335¶Không có căn chỉnh văn bản - căn chỉnh văn bản bị triệt tiêu. Tùy chọn này có ý nghĩa nếu các tệp đầu ra khác được quan tâm - ví dụ: các tệp đoạn được tạo bằng -ff, -fop, -fsm hoặc -LO. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -NTA, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 234¶Phiên bản nhanh, kết quả sắp xếp có thể hơi khác nhau. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -O, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 337¶Trọng lượng chồng chéo được thực thi (theo mặc định, trọng số chồng chéo chỉ được sử dụng nếu tối đa 35 chuỗi được căn chỉnh vì tính toán trọng số chồng chéo là tốn thời gian). Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -OW, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 338¶Trạng thái in. Tạo và cập nhật một tệp *.sta với thông tin về trạng thái hiện tại của chương trình chạy. Tùy chọn này được khuyến nghị nếu các bộ dữ liệu lớn được căn chỉnh vì nó cho phép người dùng ước tính thời gian chạy còn lại. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -PST, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 339¶Giá trị tương tự tối thiểu cho cặp dư lượng đầu tiên (hoặc cặp codon) trong các đoạn. Tốc độ liên kết protein hoặc liên kết các đoạn DNA được dịch với chi phí nhạy cảm. Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -smin, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 340¶Số lượng tối đa của các ký tự ‘*cho biết mức độ tương tự cục bộ giữa các chuỗi. Theo mặc định, không có ngôi sao nào được sử dụng nhưng các số từ 0 đến 9, thay vào đó. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -stars và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 341¶Kết quả được viết cho đầu ra tiêu chuẩn. Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -STDO, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 342¶Căn chỉnh văn bản tiêu chuẩn được in (ghi đè sự sắp xếp văn bản trong các tùy chọn đặc biệt, ví dụ: -LGS) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -TA, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 343¶Ngưỡng t = x. Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -thr và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 344¶Loại trừ các mảnh vỡ - Danh sách các mảnh có thể được chỉ định không được xem xét để liên kết theo cặp Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -XFR, coi thuộc tính này là boolean. Lớp ________ 14 ________ 346 (cmd = 'probcons', ** kwargs) ¶(cmd='probcons', **kwargs)¶Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 Bình chỉ lệnh cho chương trình liên kết nhiều người tham gia. http://probcons.stanford.edu/ Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với phiên bản: 1.12 Người giới thiệu Do, C.B., Mahabhashyam, M.S.P., Brudno, M. và Batzoglou, S. 2005. Probcons: Căn chỉnh nhiều chuỗi dựa trên xác suất. Nghiên cứu bộ gen 15: 330-340. Ví dụ Để căn chỉnh một tệp fasta (unalign.fasta) với đầu ra ở định dạng clustalw và các cài đặt mặc định khác, hãy sử dụng: >>> from Bio.Align.Applications import ProbconsCommandline >>> probcons_cline = ProbconsCommandline(input="unaligned.fasta", ... clustalw=True) >>> print(probcons_cline) probcons -clustalw unaligned.fasta Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với probcons_cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. Lưu ý rằng probcons sẽ viết căn chỉnh cho stdout, mà bạn có thể muốn lưu vào một tệp và sau đó phân tích cú pháp, ví dụ: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta0 Ngoài ra, để phân tích trực tiếp đầu ra với Alignio, bạn có thể sử dụng StringIO để biến chuỗi thành tay cầm: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta1 ________ 17 (tự, cmd = 'probcons', ** kwargs) ¶(self, cmd='probcons', **kwargs)¶ Khởi tạo lớp. tài sản ________ 349¶Chuỗi in theo thứ tự căn chỉnh thay vì thứ tự đầu vào (mặc định: TẮT) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung -a chuyển đổi, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 350¶Viết chú thích cho nhiều liên kết với tên tệp Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Annot và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 351¶Sử dụng định dạng đầu ra Clustalw thay vì MFA Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Clustalw, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 352¶Sử dụng 0 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -C và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Tài sản ________ 353¶Ngoài ra xác suất phát thải tái bản (mặc định: TẮT) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -E, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 48¶Tên tệp đầu vào. Phải là định dạng đa Fasta (MFA) Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số đầu vào và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 355¶Sử dụng 0 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -IR và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 356¶Tạo ra các cặp đôi sắp xếp theo cặp Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -pairs, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 357¶Đọc các tham số từ tên tệp Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -P và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 358¶Sử dụng 0 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -IR và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 356¶Tạo ra các cặp đôi sắp xếp theo cặp Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -pairs, coi tài sản này là boolean. tài sản ________ 357¶Đọc các tham số từ tên tệp Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -P và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 358¶Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -PRE và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 359¶ Tính toán xác suất chuyển tiếp EM, lưu trữ trong tên tệp (mặc định: không đào tạo)(cmd='t_coffee', **kwargs)¶Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -T và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 89¶ http://www.tcoffee.org/Projects_home_page/t_coffee_home_page.html Báo cáo tiến độ trong khi căn chỉnh (mặc định: TẮT) Thuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -verbose, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 361¶ Sử dụng thuật toán Viterbi để tạo tất cả các cặp (tự động cho phép -Pair) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -viterbi, coi thuộc tính này là boolean. Lớp ________ 14 ________ 363 (cmd = 't_coffee', ** kwargs) ¶ Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta2 Đối tượng dòng lệnh cho chương trình căn chỉnh TCoffee. Công cụ dòng lệnh T-Coffee có rất nhiều công tắc và tùy chọn. Bao bọc này thực hiện một số lượng rất hạn chế các tùy chọn - nếu bạn muốn giúp cải thiện nó, vui lòng liên hệ.(self, cmd='t_coffee', **kwargs)¶Ghi chú Đã kiểm tra lần cuối: Phiên bản_6.92Người giới thiệu T-Coffee: Một phương pháp mới cho nhiều chuỗi sắp xếp. Notredame, Higgins, Heringa, JMB, 302 (205-217) 2000 Ví dụĐể căn chỉnh một tệp FASTA (unalign.fasta) với đầu ra ở định dạng clustalw (tệp được căn chỉnh.aln) và nếu không thì cài đặt mặc định, sử dụng: Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với tcoffee_cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. >>> from Bio.Align.Applications import PrankCommandline >>> prank_cline = PrankCommandline(d="unaligned.fasta", ... o="aligned", # prefix only! ... f=8, # FASTA output ... notree=True, noxml=True) >>> print(prank_cline) prank -d=unaligned.fasta -o=aligned -f=8 -noxml -notree65 = ['DNA', 'protein', 'DNA_protein'] Khởi tạo lớp. Tài sản ________ 103¶ Chỉ định bạn muốn thực hiện chuyển đổi tệpThuộc tính này kiểm soát việc bổ sung công tắc -convert, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 108¶ Cho biết hình phạt được áp dụng để mở rộng khoảng cách (số nguyên âm)Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapext và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 40¶ Cho biết hình phạt được áp dụng để mở một khoảng cách (số nguyên âm)Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -gapopen và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 115¶ Chỉ định tệp đầu vào.Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -infile và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 52¶ Chỉ định tên tệp của ma trận thay thế để sử dụng.default: blosum62mtĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -matrix và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 372¶ Chỉ định một chế độ đặc biệt: Genome, Quickaln, Dali, 3DCoffeeĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -mode và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết.
Chỉ định tệp đầu ra. Mặc định: .Aln Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -OutFile và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết.tài sản ________ 135¶ Chỉ định thứ tự của chuỗi để vượt qua ’đầu vào tài sản ________ 165¶Chỉ định loại trình tự được căn chỉnh Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -type và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. Lớp ________ 14 ________ 379 (cmd = 'msaprobs', ** kwargs) ¶(cmd='msaprobs', **kwargs)¶Cơ sở: >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta6 Bình chỉ lệnh cho msaprobs. http://msaprobs.sourceforge.net Ghi chú Được kiểm tra lần cuối với phiên bản: 0.9.7 Người giới thiệu Yongchao Liu, Bertil Schmidt, Douglas L. Maskell: Hồi MSAPROBS: Liên kết nhiều chuỗi dựa trên các mô hình Markov ẩn ẩn và xác suất sau chức năng phân vùng. Tin sinh học, 2010, 26 (16): 1958 -1964 Ví dụ >>> from Bio.Align.Applications import ClustalwCommandline >>> in_file = "unaligned.fasta" >>> clustalw_cline = ClustalwCommandline("clustalw2", infile=in_file) >>> print(clustalw_cline) clustalw2 -infile=unaligned.fasta3 Thông thường bạn sẽ chạy dòng lệnh với cline () hoặc thông qua mô -đun phụ Python, như được mô tả trong hướng dẫn Biopython. ________ 17 (tự, cmd = 'msaprobs', ** kwargs) ¶(self, cmd='msaprobs', **kwargs)¶Khởi tạo lớp. tài sản ________ 382¶Chuỗi in theo thứ tự căn chỉnh thay vì thứ tự đầu vào (mặc định: TẮT) Tài sản này kiểm soát việc bổ sung -a chuyển đổi, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 350¶Viết chú thích cho nhiều liên kết với tên tệp Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -Annot và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 351¶Sử dụng định dạng đầu ra clustalw thay vì định dạng fasta Tài sản này kiểm soát việc bổ sung công tắc -Clustalw, coi thuộc tính này là boolean. tài sản ________ 352¶Sử dụng 0 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -C và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 115¶Tệp đầu vào nhiều chuỗi Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số Infile và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 387¶Sử dụng 0 Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -C và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 115¶Tệp đầu vào nhiều chuỗi Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số Infile và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 387¶Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -IR và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 388¶ Chỉ định số lượng luồng được sử dụng và tự động phát hiệnĐiều này kiểm soát việc bổ sung tham số -num_threads và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 134¶ Chỉ định tên tệp đầu ra (stdout theo mặc định)Điều này kiểm soát việc bổ sung tham số -O và giá trị liên quan của nó. Đặt thuộc tính này thành giá trị đối số cần thiết. tài sản ________ 89¶ |
![Hướng dẫn what is $_ server [ php_auth_user ]? - $ _ server [php_auth_user] là gì?](https://ap.cdnki.com/r_huong-dan-what-is-_-server-php_auth_user-_-server-php_auth_user-la-gi---9e760b8eac58f83a1e5915ed94736ccd.webp)
