Bạn đang tìm cách áp dụng Python và máy học vào một ứng dụng trong thế giới thực? Show Tin sinh học là một lĩnh vực liên ngành phát triển các phương pháp và công cụ phần mềm để hiểu dữ liệu sinh học, đặc biệt khi các tập dữ liệu lớn và phức tạp Chúng tôi vừa phát hành một khóa học hướng dẫn bạn cách sử dụng Python và học máy để xây dựng một dự án tin sinh học để khám phá thuốc Chanin Nantasenamat (còn gọi là Giáo sư dữ liệu) đã phát triển khóa học này. Anh ấy là phó giáo sư tin sinh học và anh ấy biết cách chia nhỏ mọi thứ cho người mới bắt đầu Bạn không cần phải biết bất cứ điều gì về tin sinh học để làm theo Khóa học bao gồm thu thập tập dữ liệu, tiền xử lý tập dữ liệu và thực hiện phân tích dữ liệu khám phá. Bạn sẽ học cách xây dựng các mô hình học máy để đưa ra dự đoán và có được thông tin chi tiết dựa trên dữ liệu sẽ hữu ích cho việc khám phá thuốc. Sau đó, bạn sẽ học cách so sánh các mô hình và chọn mô hình phù hợp cho trường hợp sử dụng Đây là những phần được đề cập trong khóa học này
Xem khóa học bên dưới hoặc trên freeCodeCamp. org kênh YouTube (2 giờ xem) QUẢNG CÁO QUẢNG CÁO Tôi là giáo viên và nhà phát triển với freeCodeCamp. tổ chức. Tôi chạy freeCodeCamp. tổ chức kênh YouTube Nếu bạn đọc đến đây, hãy tweet cho tác giả để cho họ thấy bạn quan tâm. Tweet một lời cảm ơn Học cách viết mã miễn phí. Chương trình giảng dạy mã nguồn mở của freeCodeCamp đã giúp hơn 40.000 người có được việc làm với tư cách là nhà phát triển. Bắt đầu Tin sinh học cần xử lý dữ liệu sinh học, có thể được thực hiện bằng nhiều ngôn ngữ lập trình. Lập trình R, Perl và Julia là những ví dụ về các ngôn ngữ như vậy. Mặt khác, Python là một lựa chọn tuyệt vời vì tính linh hoạt, cú pháp đơn giản và khả năng tạo công cụ của nó. Nó là ngôn ngữ lập trình phổ biến trong khoa học sinh học, với các ứng dụng từ tin sinh học dựa trên trình tự và tiến hóa phân tử đến phát sinh loài, sinh học hệ thống, sinh học cấu trúc, v.v. Cho dù đó là sử dụng các nguyên tắc vật lý để lập mô hình chuyển động của từng nguyên tử trong một đoạn DNA hay sử dụng các kỹ thuật máy học để tích hợp và khai thác dữ liệu "omics" trên toàn bộ tế bào. Do nhu cầu khác nhau trong khoa học sinh học, sinh học đương đại phần lớn đã trở thành sinh học tính toán. Python bao gồm một số thư viện hữu ích để xử lý dữ liệu sinh học và tạo ra các công cụ tin sinh học. Mặt khác, Python không nên là ngôn ngữ duy nhất được học cho tin sinh học. Lập trình R, Bash và Perl cũng là những ngôn ngữ tin sinh học hữu ích Trong phát triển phần mềm hiện đại, quản lý cơ sở hạ tầng và phân tích dữ liệu, Python đã tự khẳng định mình là một phần mềm hạng nhất. Nó không còn là ngôn ngữ tiện ích phòng sau, mà là một lực lượng chính trong giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS) và cũng là động lực chính của phân tích dữ liệu lớn và phát triển trí thông minh máy móc Python là một ngôn ngữ giảng dạy tuyệt vời vì tính đơn giản của nó, cho phép người mới học nó một cách nhanh chóng. Lợi ích chính của Python bao gồm. Bản thân ngôn ngữ này có một số ít tính năng, do đó việc viết các ứng dụng ban đầu của bạn sẽ tốn rất ít thời gian và công sức. Cú pháp Python nhằm mục đích đơn giản và dễ hiểu. Python tương thích với mọi hệ điều hành và nền tảng chính, cũng như phần lớn các hệ điều hành và nền tảng nhỏ hơn. Ứng dụng cơ bản nhất của Python là ngôn ngữ kịch bản và tự động hóa. Một trong những trường hợp sử dụng phổ biến nhất của Python là phân tích dữ liệu tinh vi, đã trở thành một trong những lĩnh vực phát triển nhanh nhất trong khoa học đời sống. Các giao diện Python được tìm thấy trong phần lớn khoa học dữ liệu và tin sinh học, khiến nó trở thành giao diện lệnh cấp cao được sử dụng rộng rãi nhất cho các thư viện máy học và các phương pháp số khác. Toán học, xử lý chuỗi, truy cập tệp và thư mục, kết nối mạng, hoạt động không đồng bộ, phân luồng, quản lý đa quy trình và các hoạt động lập trình phổ biến khác được bao gồm trong thư viện chuẩn của Python. Tuy nhiên, nó cũng cung cấp các mô-đun xử lý các tác vụ lập trình cấp cao cơ bản mà các ứng dụng hiện đại yêu cầu, chẳng hạn như đọc và ghi các định dạng tệp có cấu trúc như JSON và XML, thao tác với các tệp nén và làm việc với các giao thức internet và định dạng dữ liệu (trang web, URL, email . Python có thể được sử dụng để quản lý nhiều vấn đề thường xuyên phát sinh trong phòng thí nghiệm nghiên cứu. Với mô-đun ctypes của Python, bạn có thể truy cập hầu hết mọi mã bên ngoài hiển thị giao diện chức năng nước ngoài tương thích với C trong bộ gen. Django và Flask, hai khung web dựa trên Python, gần đây đã thu hút được rất nhiều sự chú ý trong thế giới phát triển trực tuyến. Thao tác dữ liệu, truy xuất dữ liệu sinh học, tự động hóa và mô phỏng vấn đề sinh học chỉ là một số hoạt động mà một ngôn ngữ lập trình phù hợp có thể trợ giúp. Các chương trình máy tính được sử dụng trong tất cả các công trình nghiên cứu hiện tại về sinh học phân tử, hóa sinh và các ngành khoa học sinh học khác. Lập trình Python có một số lợi thế trong tin sinh học. Hầu hết các loại tệp tin sinh học phổ biến đều được hỗ trợ và có sẵn giao diện cho các chương trình cục bộ và trực tuyến. Hơn nữa, các ứng dụng tin sinh học có thể tương tác với nhiều nguồn dữ liệu khác nhau, cho phép chúng làm việc với thông tin từ nhiều nguồn khác nhau Python là một ngôn ngữ được giải thích, có nghĩa là mã được Python thực thi từng dòng một, trong trường hợp có lỗi, nó sẽ tạm dừng việc thực thi chương trình và báo cáo lỗi. Biopython là một trong những lựa chọn phổ biến của các nhà sinh vật học vì nó là một thư viện phần mềm mã nguồn mở để phân tích bộ gen. Nó có ngôn ngữ thống kê phức tạp cũng có thể được sử dụng để tiến hành sắp xếp các chuỗi dữ liệu. Để tìm hiểu cách sử dụng Python trong tin sinh học, có rất nhiều tài nguyên trực tuyến miễn phí. Python là một công cụ dễ học, linh hoạt và toàn diện và cũng là một lựa chọn tốt cho mọi người từ người mới bắt đầu đến chuyên gia. Ngôn ngữ lập trình Python được sử dụng rộng rãi trong tin sinh học trong các chủ đề khác nhau. Tính đơn giản của Python cho phép các nhà khoa học sinh học tập trung vào vấn đề hiện tại. Họ không cần phải dành nhiều thời gian để học cú pháp hoặc hành vi của ngôn ngữ lập trình thông tin tác giảJianlin Lyu Khoa Khoa học và Công nghệ Máy tính, Đại học Soochow, Tô Châu, Trung Quốctrích dẫn. Lyu J (2022) Giới thiệu tóm tắt về ngôn ngữ lập trình Python. J Proteomics Bioinform. 15. 588 Đã nhận. 09-May-2022, Bản thảo số. JPB-22-17780; . 12-May-2022, Pre QC No. JPB-22-17780 (PQ); . 27-May-2022, QC No. JPB-22-17780; . 03-Jun-2022, Bản thảo số. JPB-22-17780 (R); . 10-Jun-2022 , DOI. 10. 35248/ 0974-276X. 22. 15. 588 bản quyền. © 2022 Lyu J. Đây là một bài viết truy cập mở được phân phối theo các điều khoản của Giấy phép ghi nhận tác giả Creative Commons, cho phép sử dụng, phân phối và sao chép không hạn chế trong bất kỳ phương tiện nào, miễn là tác giả gốc và nguồn được ghi có R hay Python tốt hơn cho tin sinh học?Mặc dù cả R và Python đều có thể sử dụng và xử lý nhiều dữ liệu, nhưng Lợi thế phải được trao cho Python . R có thể tiêu thụ một lượng lớn thông tin, nhưng với sự ra đời của xử lý Single Cell, các gói R đã giảm so với các đối tác Python của chúng trong việc giữ mức tiêu thụ RAM thấp.
Ngôn ngữ lập trình nào là tốt nhất cho tin sinh học?Trong lĩnh vực tin sinh học, một số ngôn ngữ máy tính thường được sử dụng bao gồm Python, R, MySql, PHP và Perl . Luôn luôn tốt hơn nếu biết các ngôn ngữ nâng cao hơn như Java.
Loại mã hóa nào được sử dụng trong tin sinh học?Ngôn ngữ máy tính được sử dụng trong tin sinh học ngày nay thường được chia thành hai nhóm. những người biên soạn và những người giải thích. Ví dụ: Java, C++ và D là các ngôn ngữ được biên dịch kiểu tĩnh, trong khi R, Perl, Ruby và Python là các ngôn ngữ được biên dịch kiểu động . |
